ANALISIS MOLEKULER GEN rpoB Mycobacterium tuberculosis DARI PASIEN TUBERKULOSIS (TB) PARU NON-MULTI DRUG RESISTANT DI RSUD Dr. SOETOMO

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis gen rpoB Mycobacterium tuberculosis penyebab tuberkulosis (TB) non-Multi Drug Resistant atau sensitif obat anti TB (OAT) pada pasien di RSUD Dr. Soetomo di Surabaya, Jawa Timur. Pendekatan yang digunakan yaitu secara molekuler dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sequencing DNA. Sampel yang digunakan terdiri dari empat sampel sputum dari pasien TB paru sensitif dan satu kultur M. tuberculosis dari sputum pasien TB paru sensitif. Sampel didekontaminasi menggunakan NaOH 4%, diikuti ekstraksi DNA menggunakan Jena Bioscience Bacteria DNA Preparation Kit. Gen rpoB diamplifikasi dengan primer POL B-5A dan POL B-5B (619 bp), kemudian di-sequencing. Data sequencing diolah dengan Geneious ver. 11, dengan menyejajarkan antar sampel serta antara sampel dengan referensi M. tuberculosis dari Genbank. Sequence sampel berukuran 596 bp. Keidentikan antar sampel mencapai 100%. Penyejajaran antara sampel dengan M. tuberculosis H37Rv dari Genbank (AL 123456, NC_000962.3, CP007027, KC344736.1) menunjukkan bahwa fragmen rpoB isolat berada pada titik 1.245-1.840 dari total 3.519 bp sequence rpoB M. tuberculosis referensi. Hasil penyejajaran dengan isolat klinis dari famili Beijing (AP018033.1, AP018036.1) dan East African Indian (EAI) (CP001641.1, CP005082.1) menunjukkan keidentikan 100%. Dengan ini, disimpulkan bahwa fragmen gen rpoB M. tuberculosis pada penelitian ini memiliki susunan basa yang conserved atau lestari