Genomic variation of salmonella spp. detected by amplified fragment length polymorphism(AFLP) analysis

임상병리학과/석사[한글] Salmonellae는 주요 식중독 원인세균의 하나이며, 최근 10년간 전세계적으로 인간에게 감염되어 질병을 일으키는 사례가 증가하고 있는 추세이다. 그 동안 분리한 Salmonella 의 유전적 다양성을 검출하기 위해서 여러 가지 방법들이 시도되었는데, 전통적인 생화학적 방법을 비롯하여 RAPD(randomly amplified polymorphic DNA), RFLP(randomly fragment length polymorphism), RFGE(pulsed-field gel electrophoresis) 등의 분자생물학적 방법에 이르기까지 다양한 접근이 이루어지고 있다. AFLP는 최근 소개된 유전자 분석 방법으로서 genomic DNA를 제한효소로 처리하여 절단된 특정 절편을 선택적으로 증폭시키는 것을 기반으로 하고 있다. 이 기법은 재현성과 민감도가 뛰어나고, 신속하다는 점에서 DNA 지문분석 방법의 하나로 주목받고 있다. 본 연구에서는 Salmonella 표준균주 7주(株)와 가축의 장간막 림프절, 분변 또는 식육에서 분리 동정한 100주의 Salmonella spp.대상으로 AFLP 유전자 지문을 생성,분석하였다. 세균의 genomic DNA의 HindIII/ApaI 제한효소를 처리한 후, 특정 primer 조합을 이용하여 DNA 절편의 선택적인 증폭을 유도하였다. 그 결과 시료의 채취장소와 종류에 따라 연관성을 갖는 5가지 군(群)을 분류해낼 수 있었다. 결론적으로 본 연구에서는 Salmonella spp.의 유전자 분석기법을 확립하고, 분자생물학적 역학조사에 있어서 DNA marker로써의 응용 가능성을 확인할 수 있었다. [영문] Strains of Salmonella spp. are one of the main causes of human enteric diseases and are among the most important causes of food poisoning worldwide. In many countries, the number of gastrointestinal infections caused by Salmonella spp. has increased in recent decades. Several methods of Salmonella strain identification have been described, including biochemical characterization, cluster analysis of plamid profiling, randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) analysis, and large restriction fragment analysis by pulsed-field gel electrophoresis(PFGE). AFLP fingerprinting of 7 reference strains of Salmonella spp. and 100 strains of Salmonella spp. that were isolated from lymph node, stool or meat of cattles. Selective amplification of hindIII/Apα I templates with primer combination HI-T and A-primer generated AFLP fingerprints that were grouped by numerical analysis in five clusters. Our results show that AFLP analysis can distinguish genetically related strains of Salmonella species. The pattern of Salmonella spp. are divided by the kind of specimens in which were isolated. The results suggest that AFLP analysis of Salmonella spp. strain could be useful for epidemiological studies using molecular biological methol.ope