Analyse des interactions entre le microbiote du lait cru et Staphylococcus aureus dans le contexte de la mammite bovine

La mammite bovine est une maladie à prévalence élevée chez les vaches laitières qui occasionne plusieurs problématiques au niveau de l’industrie agroalimentaire dont des pertes financières importantes. Staphylococcus aureus fait partie des bactéries pathogènes majeures causant la mammite bovine et ces infections intramammaires (IIM) ont la particularité d’être difficiles à traiter en plus de souvent mener à une forme chronique de la maladie. En effet, S. aureus a la capacité de produire du biofilm ainsi que plusieurs facteurs de virulence qui aident à son évasion du système immunitaire et son internalisation dans les cellules de l’hôte. Maintenant que l’équipement de séquençage génétique est plus performant et moins coûteux, il est possible d’analyser le microbiote du lait de vache. Un débalancement des communautés bactériennes, aussi appelé dysbiose, peut avoir des effets négatifs sur la santé du pis. À l’inverse, un microbiote « en santé » pourrait empêcher l’établissement d’un microorganisme pathogène. Plusieurs études ont démontré que S. aureus pourrait faire partie de la flore normale du lait cru puisque cette bactérie est retrouvée dans les échantillons provenant de pis ne démontrant aucun symptôme de mammite. Ce projet a pour but d’approfondir nos connaissances au sujet des communautés bactériennes du lait cru et comment elles sont influencées par la présence de S. aureus. Au cours de ce projet, nous avons eu recours à des techniques de séquençage à haut débit de l’ADN de l’ARN 16S pour explorer la diversité bactérienne du lait de vache cru provenant d’échantillons à haute et à basse prévalence de S. aureus. Au niveau du microbiote, nous avons trouvé deux genres bactériens qui étaient significativement influencés par l’abondance de S. aureus, soit Aerococcus et Corynebacterium. De plus, nous avons exploré comment différentes souches de S. aureus affectent le microbiote, sans toutefois obtenir suffisamment de séquences pour pouvoir établir des hypothèses claires. Finalement, pour mieux comprendre les interactions de S. aureus avec les bactéries présentent dans le lait, nous avons eu recours au séquençage de l’ARN pour étudier la transcriptomique de S. aureus en culture dans différents laits, ce qui nous a permis de démontrer des différences significatives dans l’expression de certains gènes liés à la virulence