Le microbiote intestinal à l'ère de la métagénomique : Perspectives d'application dans la filière avicole

L’étude du microbiote intestinal, chez l’Homme puis chez les animaux modèles et maintenant d’élevage, a été révolutionnée par l’utilisation de technologies de séquençage d’ADN à haut débit qui a permis le développement des approches de métagénomique, c'est-à-dire l’étude de l’ensemble des génomes constituant le microbiote intestinal. Ces approches ont largement contribué à montrer à quel point le microbiote intestinal est important pour son hôte, dont il est en fait le symbionte, de par ses rôles non seulement dans la digestion d’aliments non digestibles par l’hôte mais plus généralement dans la régulation du métabolisme, la mise en place et la régulation de l’immunité, la résistance à la colonisation par des pathogènes ou le comportement via un effet sur le cerveau. Ces connaissances théoriques ont conduit à des applications diagnostiques et thérapeutiques chez l’Homme. On peut espérer de la même façon améliorer nombre de caractères d’intérêt chez la volaille, notamment santé, robustesse et efficacité digestive via l’analyse du microbiote et sa modulation par des leviers, dont certains (alimentation, probiotiques, prébiotiques) existent déjà et pourraient être améliorés. Cette revue explique ce qu’est la métagénomique, ce qu’elle apporte à la connaissance du microbiote intestinal et à quel type d’applications en élevage elle pourrait conduire, en prenant en compte ce symbionte longtemps ignoré et pourtant essentiel.Research on gut microbiota, in humans as well as in models and livestock species, has been revolutionized by the use of high throughput DNA sequencing technologies, which allowed the development of metagenomic approaches, defined as the study of all the microbial genomes constituting the intestinal microbiota. These approaches largely contributed to show to which extent the intestinal microbiota is essential to its host, with which it forms a symbiosis. It contributes to the digestion of food non digestible by host enzymes but also modulates the host metabolism, the maturation and regulation of immunity, resistance to colonization by enteric pathogens and even behavior through interactions with the brain. This theoretical knowledge is currently leading to therapeutic applications in human medicine. Similarly, we can hope to improve several traits of interest in poultry, based on the analysis or the modulation of the intestinal microbiota using a combination of tools, which for some of them are already developed (feed, probiotics, prebiotics) and could be improved. This review explains what is metagenomics, what it brings to the study of intestinal microbiota and presents on-farm applications that could emerge by taking into account this long-ignored but essential symbiont