Acceleration of Burrows-Wheeler Transform Using GPU

Tato práce se zabývá Burrows-Wheelerovou transformací (BWT) a možnostmi akcelerace této transformace na grafickém procesoru (GPU). Jsou představeny metody komprese založené na BWT. Pro práci s GPU jsou představeny softwarové knihovny CUDA a OpenCL. Jsou implementovány paralelní varianty BWT i následných kroků potřebných ke kompresi, s použitím knihovny CUDA. Je testována míra komprese použitých přístupů a paralelní verze jsou porovnány s jejich sekvenčními implementacemi.This thesis deals with Burrows-Wheeler transform (BWT) and possibilities of acceleration of this transform on graphics processing unit (GPU). Methods of compression based on BWT are introduced, as well as software libraries CUDA and OpenCL for writing programs for GPU. Parallel variants of BWT are implemented, as well as following steps necessary for compression, using CUDA library. Amount of compression of used approaches are tested and parallel versions are compared to their sequential counterparts.