Etude des communautés microbiennes dans les neiges du Mt Blanc en relation avec la poussière saharienne

The objective of this study is to assess the uncultured bacterial diversity in the snowpack of the Mont Blanc (MtBl) glacier containing Saharan dust deposited during four dust events over the period 2006 - 2009, by means of molecular phylogenetics. Bacterial diversity was evaluated using rybotyping and subsequent sequencing of partial (V3-V5) and full-length 16S rRNA genes. For comparison purpose we also studied following samples: MtBl snow containing no Saharan dust (by both rDNA and rRNA approaches); Saharan sand collected in Tunisia; Saharan dust collected in Grenoble (200 m a.s.l.) and recovered later on MtBl (4250 m a.s.l.). Species content and dominant phylotypes and their assigning to major divisions varied significantly in alpine snow on a MtBl glacier associated with four depositions of Saharan dust over a 3-year. Dominant phylotypes revealed are belonged to Actinobacteria, Proteobactreia, Firmicutes, Deinococcus-Thermus, Bacteroidetes and Cyanobacteria. Such variability seems to be defined more by conditions of dust transport than bacterial load from the original dust source. Overall, 15 phylotypes were recognized as potential snow colonizers. Of them, representatives of genera Massilia, Tumebacillus, Phormidium and Stigonema are most relevant findings in terms of propagation in snow. Among all identified phylotypes, 10% were categorized as HA-phylotypes based on their similarity (≥98%) with normal human microbiome representatives and 11% showed less than 90% similarity with known taxa. Sequencing of both partial (V3-V5) and full-length 16S rRNA genes permitted us to describe microbial diversity more fully and get more detailed picture.L'objectif a été d'évaluer à l'aide de techniques de phylogénie moléculaire la diversité bactérienne non cultivable dans la neige du Mont Blanc (MtBl) contenant de la poussière saharienne déposée au cours de quatre événements pendant la période 2006-2009. La diversité bactérienne a été évaluée par digestion enzymatique d'ADN et le séquençage partiel de la région V3-V5 du gène et des séquences complètes d'ARNr 16S. Nous avons étudié : (i) de la neige (MtBl) ne contenant aucune poussière saharienne (par ADNr et ARNr) ; (ii) du sable du Sahara (Tunisie) ; (iii) des poussières sahariennes collectées à Grenoble (200 m ASL) et de la neige récupérée au MtBl (4250 m ASL). Le contenu en espèces et en phylotypes dominants a varié dans la neige du MtBl associée aux quatre dépôts de poussière saharienne sur 3 années. Les phylotypes dominants appartiennent aux classes des Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Deinococcus-Thermus, Bacteroidetes et les Cyanobactéria. Cette variabilité semble être davantage causée par les conditions de transport de la poussière. Quinze phylotypes ont été reconnus comme candidats pour colonisation de la neige. Les représentants des genres Massilia, Tumebacillus, Phormidium et Stigonema sont les candidats les plus probables pour la propagation dans la neige. Parmi tous les phylotypes identifiés, 10% ont été classés comme HA-phylotypes basés sur leur similitude (≥98%) avec les représentants du microbiome humain et 11% ont montré moins de 90% de similarité avec les taxons connus. Le séquençage partiel (V3-V5) et complet des gènes codant l'ARNr 16S a permis de décrire la diversité microbienne plus complète et d'en obtenir une image plus détaillée