Caracterización molecular del perfil de resistencias del virus de la hepatitis C después del fallo terapéutico a antivirales de acción directa mediante secuenciación masiva

La infección crónica por el virus de la hepatitis C constituye un problema de salud pública a nivel mundial por su contribución al desarrollo de enfermedades hepáticas avanzadas y carcinoma hepatocelular. Actualmente, gracias a la disponibilidad de terapias antivirales altamente eficaces y bien toleradas basadas en combinaciones de antivirales de acción directa (D19s) se han logrado tasas de respuesta virológica sostenida (RVS) en el 95% de los pacientes. A pesar de la excelente eficacia de los D19s, sigue habiendo un porcentaje considerable de pacientes que no alcanzan la curación virológica. Tras el fallo terapéutico, es frecuente observar la selección de sustituciones asociadas a resistencia (RASs) a frecuencias altas en la población viral. Mientras que la selección de RASs tiene un papel importante en el fracaso terapéutico, el impacto clínico de las RASs, así como su relevancia en el retratamiento sigue siendo una cuestión abierta. Hoy en día, se disponen de pocos estudios en vida real sobre RASs, estando la mayoría basados en secuenciación Sanger. En la presente Tesis Doctoral, se ha realizado un estudio de resistencias de una cohorte de 220 pacientes con fracaso terapéutico a combinaciones de D19s mediante secuenciación masiva. En los resultados obtenidos, se observaron patrones de resistencia específicos de subtipo viral tras el fallo a combinaciones de D19s, lo cual realza la importancia del uso de cebadores específicos de subtipo para evitar sesgos en la amplificación. Se caracterizaron varias combinaciones de RASs altamente prevalentes, sugiriendo la importancia de su detección antes del retratamiento por los elevados niveles de resistencia que confieren. Además, considerando la prevalencia de las RASs en las regiones que mapean fuera de las regiones frente a las que van dirigidos los antivirales de acción directa, es recomendable analizar todas las regiones terapéuticas para decidir el tratamiento de rescate. En resumen, la alta prevalencia de RASs tras el fallo terapéutico, la gran cantidad de RASs minoritarias y las combinaciones de RASs en el mismo genoma, reafirman la importancia de su análisis antes del retratamiento usando secuenciación masiva ultra profunda para maximizar las tasas de RVS. Sería de gran interés conocer los resultados de aquellos pacientes sometidos a retratamiento para caracterizar las RASs clínicamente.Chronic hepatitis C infection is considered as a major public health issue worldwide due to its linkage to the development of advanced liver diseases and hepatocellular carcinoma. Currently, the availability of highly efficient and well-tolerated antiviral therapies based on combinations of direct acting antivirals (DAAs) has provided sustained virological response (SVR) in nearly 95% of patients. Despite the excellent efficacy of DAAs, still a non-negligible percentage of patients do not achieve virological cure. At treatment failure, resistance-associated substitutions (RASs) are usually selected at high frequencies in the viral population. While selection of RASs has an important role in treatment failure, the clinical impact of RASs and its relevance in retreatment still remain unknown. Few real-life data on RASs testing are available, mainly performed by Sanger sequencing. In this PhD Thesis, we have performed a RASs analysis in a cohort of 220 patients who experienced treatment failure to several DAA combinations using next generation sequencing. In our analysis, the RASs profile that emerge after each DAA-based treatment was subtype-specific, which strongly suggests the use of subtype-specific primers to avoid amplification bias. Also, several high prevalent RASs combinations were characterized, suggesting the importance of their detection before retreatment due to their high level of resistance. Moreover, attending to the high occurrence of extra-target RASs detected, testing all genomic regions for RASs analysis is strongly recommended for treatment decision making. In summary, the high prevalence of RASs at treatment failure, the high amount of minority RASs and the combination of RASs at the same genome, reinforce the importance of RASs analysis before retreatment using ultra-deep sequencing in order to maximize SVR. The outcome of patients who undergo retreatment should be also analysed in order to characterize clinically meaningful RASs