Traitement Automatique de la Langue Biomédicale

Dans le domaine biomédical, les informations cliniques et institutionnelles sont contenues dans le texte de publications scientifiques ou de dossiers patients et ne sont pas directement accessibles à des fins de traitement automatique. Pour pallier cela, le Traitement Automatique de la Langue Naturelle peut offrir des méthodes d’extraction d'information afin de convertir des textes libres en représentations exploitables pour la recherche médicale et la santé publique. Cependant, ces méthodes doivent être robustes face au volume, à la technicité et à la diversité des textes à traiter. Le Traitement Automatique de la Langue Biomédicale (ou TAL biomédical) est un champ de recherche pluridisciplinaire qui mobilise l'Informatique, la Linguistique ainsi que la Médecine. Il s'inscrit dans le champs du traitement automatique de la langue, tout en allant au delà du service rendu à la médecine. Trois thématiques ont particulièrement fait l'objet de mon travail ces dernières années. Il s'agit de: (1) la modélisation des informations; (2) l'analyse de textes en langue de spécialité; et(3) des applications biomédicales concrètes. Tout ce travail repose sur l’analyse de corpus variés du domaine. Ainsi, le développement de ressources en soutien du TAL biomédical, en particulier pour les langues autres que l'anglais comparativement peu dotées, est un défi scientifique majeur. Mes contributions sur ce point s'appuient sur une analyse des schémas de représentation des connaissances dans le domaine, qui a permis le développement de corpus annotés destinés à être partagés par la communauté à des fins de développement méthodologiques et d'évaluation. Une autre série de contributions a porté sur la proposition de méthodes d'analyse de textes médicaux, par exemple avec l'extraction d'entités et de relations. Ce travail a permis de montrer l'importance de la question de l'adaptation en domaine et de l'adaptation cross-langue. Enfin, mes contributions à des études ciblées sur des applications biomédicales permettent de souligner l'impact attendu du traitement automatique de la langue en épidémiologie, santé publique et sur les pratiques de recherche au delà de ces disciplines. L'un des défis du TAL biomédical est de réaliser pleinement ce potentiel en mettant des outils à disposition de la communauté médicale afin de devenir un levier incontournable de la recherche translationnelle.Ces travaux ont été réalisés en collaboration avec de nombreux collègues notamment au LIMSI CNRS et à la U.S. National Library of Medicine dans le cadre de plusieurs thèses, post-docs, stages de masters; et pour certains dans le cadre de projets de recherche ANR, H2020 et Digicosme, impliquant différents organismes, tels que l'Inserm, le CEA et des partenaires hospitaliers