Genetic study of the Austroasiatic speaking populations : from the linguistic family to the descent group

La diversité génétique d’une population porte en elle la trace de pratiques culturelles et est un témoignage de certains éléments passés. Ainsi, la langue, qui peut agir comme une barrière culturelle à la reproduction, et le système de parenté, qui va déterminer quand, où et avec qui les individus se reproduisent, vont influencer la diversité génétique. L’objectif de cette thèse est de tenter de retracer les histoires démographiques de populations d’Asie du Sud et du Sud-Est, à plusieurs échelles culturelles, de la famille linguistique Austro-Asiatique aux groupes de filiation en utilisant des données génétiques. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à la famille linguistique Austro-Asiatique. Les langues appartenant à une même famille linguistique descendent d’une même langue « mère » et nous avons voulu savoir si en plus de cette parenté linguistique, les locuteurs de ces langues partageaient une parenté génétique. Nous avons étudié la diversité génétique autosomale de populations parlant des langues Austro-Asiatiques et nous les avons comparées à des populations voisines appartenant à d’autres familles linguistiques. Nous n’avons pas pu mettre en évidence de parenté génétique particulière entre les populations parlant des langues Austro-Asiatiques. Ces résultats excluent l’hypothèse d’une origine commune des populations parlant des langues Austro-Asiatique et favorisent l’hypothèse d’une diffusion culturelle des langues Austro-Asiatiques. Puis, nous avons étudié la parenté génétique au sein de groupes de descendance dans huit populations d’Asie du Sud-Est. Les individus appartenant au même groupe de filiation disent descendre d’un même ancêtre commun, paternel dans les populations patrilinéaires ou maternel dans les populations matrilinéaires. Nous avons voulu savoir si l’ancêtre commun de ces populations est mythique ou biologique. Nous nous sommes intéressés aux diversités génétiques du chromosome Y et de l’ADN mitochondrial de huit populations d’Asie du Sud-Est : quatre populations matrilinéaires et quatre populations patrilinéaires. Nos données montrent que des individus appartenant à un même clan matrilinéaire sont fortement apparentés génétiquement au niveau de leur lignée maternelle, visible au niveau de leur ADN mitochondrial. A l’inverse, les individus appartenant à un même clan patrilinéaire ne sont pas plus apparentés génétiquement entre eux que deux individus pris au hasard dans la population au niveau de leur lignée paternelle, visible au niveau du chromosome Y. Ces résultats témoignent de réalités différentes entre les populations patrilinéaires et matrilinéaires d’Asie du Sud-Est avec un ancêtre commun réel dans les populations matrilinéaires et un ancêtre commun mythique dans les clans patrilinéaires. Pris ensemble, ces travaux rappellent la manière dont différents processus culturels ont laissé des signatures génétiques sur les diversités génétiques uniparentales et autosomales et illustrent la manière dont le généticien des populations peut utiliser ces diversités génétiques pour retracer l’histoire démographique des populations.The genetic diversity of a population carries with it traces of cultural practices and is a testimony of certain past events. Thus, language, which can be a cultural barrier to reproduction, and the kinship system, which will determine when, where and with whom individuals reproduce, will influence genetic diversity. The aim of this PhD thesis is to try to retrace the demographic histories of populations of South and Southeast Asia, at several cultural scales, from the Austroasiatic language family to descent groups using the genetic data. Firstly, we studied in the Austroasiatic language family. Languages belonging to the same linguistic family come from the same "mother" language and we wanted to know whether, in addition to this linguistic kinship, the speakers of these languages shared a genetic kinship. We have studied the autosomal genetic diversity of Austroasiatic speaking populations and compared them to neighboring populations belonging to other linguistic families. We could not highlight any particular genetic kinship between populations speaking Austroasiatic languages. These results exclude the hypothesis of a common origin of populations speaking Austroasiatic languages and favor the hypothesis of a cultural diffusion of Austroasiatic languages. Then, we investigated genetic kinship in descent groups in eight Southeast Asian populations. Individuals belonging to the same descent group claim to descend from a common paternal ancestor, in patrilineal populations, or from a common maternal ancestor, in matrilineal populations. We wanted to know if the common ancestor of these populations is mythical or biological. We investigated the genetic diversities of the Y chromosome and mitochondrial DNA of eight populations in Southeast Asia: four matrilineal populations and four patrilineal populations. Our data showed that individuals belonging to the same matrilineal clan are closely genetically related to their maternal line, visible in their mitochondrial DNA. Conversely, individuals belonging to the same patrilineal clan are no more genetically related to each other than two individuals randomly selected from the population in their paternal line, visible on the Y chromosome. These results reflect different realities between the patrilineal and matrilineal populations of Southeast Asia with a real common ancestor in matrilineal populations and a mythical common ancestor in the patrilineal clans. Together, these results showed how different cultural processes have left genetic signatures on uniparental and autosomal genetic diversities and illustrated how the population geneticist can use these genetic diversities to trace the populations' demographic history