Contribución de prefoldina a la expresión génica en células humanas

La prefoldina es una cochaperona que está presente en todos los organismos eucarióticos. Es conocida principalmente por su importante función en la dinámica del citoesqueleto, al favorecer el plegamiento de los monómeros de actina y tubulina durante su ensamblaje en filamentos de actina y microtúbulos, respectivamente. Adicionalmente, diferentes subunidades de este complejo heterohexamérico han sido encontradas en el núcleo y relacionadas con procesos nucleares en levaduras, plantas y metazoos. En esta tesis nos hemos propuesto estudiar qué papel desempeña la prefoldina en la expresión génica en células humanas. Para ello, hemos realizado un ensayo de RNA-seq que nos permitiera analizar qué efectos ocasionaba la deficiencia de las subunidades PFDN2 y PFDN5 en el transcriptoma de las células, bajo diferentes condiciones nutricionales. Los resultados mostraron que la deficiencia de estas dos subunidades afectó a la expresión de multitud de genes, siendo el efecto de PFDN5 más severo que el de PFDN2. Una parte de estos defectos puede ser explicado como consecuencia indirecta del papel de la prefoldina en la dinámica del citoesqueleto. Otros, pueden explicarse por la conocida función de PFDN5 como co-represor del protoncogén c-Myc. Además de estos efectos predecibles según lo conocido previamente, en nuestros resultados encontramos evidencias de la participación de estas subunidades en otros fenómenos. Por ejemplo, hemos encontrado un efecto de PFDN5 sobre la expresión del gen CDKN1A, que codifica para p21, un represor de la progresión del ciclo celular. Además, hemos detectado que PFDN5 se localiza físicamente sobre dicho gen. Este resultado nos permite explicar su influencia sobre la expresión de genes que se expresan cíclicamente, como los que codifican histonas. Asimismo, hemos detectado que las células deficientes en PFDN5 presentan deficiencias en la expresión de genes en función de sus características físicas, no funcionales, como su longitud o el número de intrones que presentan. También observamos que la deficiencia de PFDN5, y en menor medida la de PFDN2, empeoró de forma generalizada la eficiencia del procesamiento de intrones en el pre-mRNA, especialmente en los transcritos inmaduros de los genes que se expresan más. Igualmente hemos comprobado que las células deficientes en PFDN5 mostraron defectos en el acoplamiento temporal entre splicing y elongación de la transcripción, así como una disminución drástica de los niveles de fosforilación de la RNA polimerasa II en los residuos Ser2 de su dominio CTD. Los genes que muestran estas deficiencias en ausencia de PFDN5 presentan ocupación de esta proteína a lo largo de su región transcrita. En conjunto, nuestros resultados apoyan que la prefoldina contribuye de forma general al proceso de expresión génica en células humanas, al margen de los efectos regulatorios que sus otras funciones celulares puedan causar indirectamente