Genetic variability of Tropical Milking Criollo cattle of Mexico estimated from genealogy information

Abstract Background: Genetic variability of populations is essential for their genetic conservation and improvement, and genealogy analysis is a useful tool to estimate it. Objective: To determine genetic variability and inbreeding levels in Tropical Milking Criollo (LT). Methods: This study analyzed the genealogy of LT using the ENDOG software. Registration certificates of 3,427 LT animals born between 1945 and 2013, and from 608 born between 1950 and 2013 were used. Two populations were defined: the first one with all registered animals (PLT), and the second with nucleus animals (PCP). Results: Estimates for PLT and PCP were: founders 890, 114; ancestors 855, 102; effective founders 111, 43; effective ancestors 72, 26, and effective population size 68.1 and 64.6, respectively. Inbreeding coefficients were 4.32 and 3.48% for the highest genetic integrity index; and the average relatedness (AR) coefficients were 1.19 and 5.55 for PLT and PCP, respectively. Genealogy depth was shallow in both populations, with full equivalent generations of 2.00 and 3.53. Global generation intervals were about seven years. Conclusions: The LT population is not endangered and its genetic improvement program should continue.Resumo Antecedentes: a variabilidade genética das populações é essencial para sua conservação e melhora genética e a análise da genealogia é útil para estimá-la. Objetivo: determinar a variabilidade genética e os níveis de consanguinidade na raça crioula Leiteiro Tropical (LT). Métodos: o estudo analisou a genealogia da raça crioula LT com o programa ENDOG v4.8. Foram utilizaram 3.427 registros de animais LT nascidos de 1945 a 2013, e de 608 nascidos entre 1950 e 2013. Foram definidas duas populações, uma que inclui todos os animais registrados (PLT) e outra somente com os animais provenientes do núcleo genético (PCP). Resultados: na PLT e PCP foram estimados animais fundadores 890, 114; ascendentes 855, 102; número efetivo de fundadores 111, 43; número efetivo de ascendentes 72, 26 e tamanho efetivo da população 68,1, 64.6, respectivamente. Para a categoria mais alta de índice de integridade genética os coeficientes de consanguinidade foram 4,32 e 3,48%; o coeficiente médio da relação global (AR) foi 1,19 e 5,55 para PLT e PCP, respectivamente. A profundidade da genealogia em ambas populações foi superficial com gerações completas equivalentes de 2,00 e 3,53. Os intervalos geracionais globais foram próximos a sete anos. Conclusões: a população LT não se encontra em risco de extinção e pode continuar com seu programa de melhoria genética.Resumen Antecedentes: la variabilidad genética de las poblaciones es esencial para su conservación y mejora genética, y el análisis de genealogía es útil para estimarla. Objetivo: determinar la variabilidad genética y los niveles de consanguinidad en la raza criolla Lechero Tropical (LT). Métodos: el estudio analizó la genealogía de la raza criolla LT con el programa ENDOG v4.8. Se utilizaron 3.427 registros de animales LT nacidos entre 1945 y 2013, y de 608 nacidos entre 1950 y 2013. Se definieron dos poblaciones, una que incluye todos los animales registrados (PLT) y otra solamente con los animales provenientes del núcleo genético (PCP). Resultados: en la PLT y PCP se estimaron animales fundadores 890, 114; ancestros 855, 102; número efectivo de fundadores 111, 43; número efectivo de ancestros 72, 26, y tamaño efectivo de población 68,1, 64,6, respectivamente. Para la categoría más alta de índice de integridad genética, los coeficientes de consanguinidad fueron 4,32 y 3,48%; y el coeficiente medio de relación global (AR) fue 1,19 y 5,55 para PLT y PCP, respectivamente. La profundidad de la genealogía en ambas poblaciones fue superficial con generaciones completas equivalentes de 2,00 y 3,53. Los intervalos generacionales globales fueron cercanos a siete años. Conclusiones: la población LT no se encuentra en riesgo de extinción y puede continuar con su programa de mejora genética