Variabilidad genética de aislamientos colombianos del Potato mop-top virus (PMTV)

The objective of this work was to study the level of variation of PMTV isolates from Colombian potato crops through 2010 and 2011. Genes encoding for the viral coat protein (CP, ARN 2) and the Triple Gene Block (TGB2, ARN 3) were sequenced from PMTV isolates obtained in the provinces of Antioquia, Boyacá, Cundinamarca y Nariño. Additionally, RNA 2 and RNA 3 from two isolates were almost sequenced to completion (>83%). Phylogenetic analysis based on the CP sequence revealed the presences of two clades. The first clade included PMTV reference strains from all over the world and 19 Colombian isolates used in this study. The second class grouped only Colombian isolates and shared less than 76% identity with clade 1, suggesting a new pomovirus species. Complete genome sequencing is required to confirm this hypothesis. Phylogenetic analysis using the TGB2 gene grouped all sequences in a single clade. Sequence analysis of segments 2 and 3 of the viral genomes revealed >94% sequence identity with PMTV isolates from Czech Republic and Sweden. These findings will be helpful in the development of diagnostic tools for PMTV in the Andes in order to support tuber-seed certification and genetic improvement programs.El objetivo de este trabajo fue evaluar los niveles de variación de aislamientos de PMTV en cultivos de papa de Colombia durante los años 2010 y 2011. Se obtuvieron secuencias de los genes de la cápside viral (CP, ARN 2) y del Triple Bloque de Genes (TGB2, ARN 3) de cepas de PMTV de los departamentos de Antioquia, Boyacá, Cundinamarca y Nariño. Adicionalmente, dos de los aislamientos fueron secuenciados en >83% de sus ARN 2 y 3. Los análisis filogenéticos basados en CP Indicaron la presencia de dos clados. El primero contiene cepas de referencia mundial de PMTV en conjunto con 19 de las cepas de este estudio; mientras que el segundo clado sólo agrupó cepas de Colombia, las que compartieron menos de 76% de identidad con el primer grupo. Esto posiblemente indica la ocurrencia de una nueva especie de pomovirus, aunque se requiere secuenciación de todo el genoma para confirmar dicha hipótesis taxonómica. El análisis del TGB2 generó un solo clado, agrupando indistintamente las cepas colombianas de PMTV con las de otros países. El análisis de los segmentos 2 y 3 del genoma viral, indicó que los dos aislamientos colombianos secuenciados compartían >94% de identidad con las secuencias de cepas de República Checa y Suecia. Estos resultados pueden ser utilizados para el diseño de herramientas de diagnóstico del PMTV en los Andes, que apoyen los programas de certificación de tubérculo-semilla y mejoramiento genético de papa