Human Genome Analysis

Tato diplomová práce se zabývá implementací sufixových automatů, které jsou využity ve vyhledávání řetězců v DNA sekvencích. V první části práce je seznámení s problematikou sekvenování a mapování DNA. Následuje teoretická část popisující datové struktury sufixový strom a sufixové pole využívané ve vyhledávání v textu. Dále je seznámení se sufixovými automaty, na které navazují kompaktní sufixové automaty, návrh a implementace této struktury. Implementace je zaměřena na rozdělení vstupního řetězce na několik podřetězců, kde pro každý tento podřetězec je sestrojen sufixový automat. Bylo provedeno několik experimentů nad implementací této datové struktury. Výsledky experimentů jsou shrnuty v závěru této práce.This thesis describes the implementation of suffix automatons used for string searching on long DNA sequences. The first chapter talks about DNA sequencing and mapping. Then follows a~theoretic primer on the topic of suffix trees and suffix arrays which are widely used for searching over long strings. The next chapter introduces suffix automatons, which are followed by compact suffix automatons, design draft and implementation of this structure. The implementation focuses on splitting the input string into several substrings, where for each substring a suffix automaton is constructed. A~wide number of experiments have been conducted over this data structure. Finally, the results from various experiments are summed up in the closing section.460 - Katedra informatikyvýborn