Single stranded DNA virus genomes identified in swine sera with porcine circovirus associated disease through metagenomic

As doenças associadas ao circovírus suíno (DACS) causam impacto econômico negativo nos sistemas de criação de suínos no mundo todo. As perdas incluem tratamento da doença, mortalidade, bem como diminuição no desempenho dos animais. Uma das manifestações mais relevantes das DACS é a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS). O principal agente patogênico na causa da SMDS é o circovírus suíno tipo 2 (PCV2), no entanto, estudos observacionais e experimentais demonstraram que outros agentes estão envolvidos na patogênese e manifestação dos sinais clínicos. O sequenciamento de alto desempenho aliado a metagenômica são ferramentas que tornam possível a identificação da microbiota total de uma determinada amostra, independentemente de cultivo dos microrganismos. Visando contribuir para o conhecimento dos possíveis vírus envolvidos na SMDS, o presente trabalho realizou o sequenciamento genético de alto desempenho de soros de suínos e posterior análise do metagenoma resultante. Foram utilizadas amostras de soro coletadas em 2008, de 16 suínos com sinais clínicos da SMDS, entre 80 e 100 dias de idade, em uma granja no interior do Rio Grande do Sul. Os dados revelaram sequências virais de PCV2, parvovírus suíno tipo 1 a 6 (PPV1-6), torque teno vírus de suínos (TTSuV) tipo 1b, k2a e k2b e vírus de DNA circular de fita simples codificador de proteína associada a replicação (CRESS). A ocorrência de PCV2, PPV1-5 e TTSuV já foi descrita em suínos com SMDS, portanto este estudo reforça resultados anteriores. O PPV6 foi recentemente descrito na China, Europa e Estados Unidos, e os estudos não relacionaram o vírus com nenhuma doença específica de suínos. Os CRESS já foram identificados em todos os continentes, em vários tipos de amostras, incluindo fezes de suínos, mas sem nenhuma conexão com doenças de animais. Portanto, este é o primeiro relato de PPV6 e CRESS em suínos apresentando sinais de SMDS. Porém estudos posteriores são necessários para poder atribuir relação entre PPV6 e CRESS no desenvolvimento da SMDS.Porcine circovirus associated disease (PCVAD) is one of the causes of negative economic impact on pig farming systems described worldwide. Losses include expenditures with treatment, increased mortality rates, and decreased productivity. One of the most relevant manifestations of PCVAD is the post-weaning multisystemic wasting syndrome (PMWS). The main pathogen present in PMWS is porcine circovirus type 2 (PCV2). However, observational and experimental studies have shown that other agents may be involved in the pathogenesis and clinical manifestation. High-throughput sequencing combined with metagenomics analyses make it possible to identify the total microbiota in a given sample, regardless of microorganism culture. In order to contribute to the knowledge of the viruses involved in PMWS, the present study carried out the high-throughput sequencing of swine sera and subsequent analysis of the resulting metagenome. Sixteen serum samples collected in 2008 on a farm in Rio Grande do Sul, from 80 and 100 days old pigs with clinical signs of PMWS, were examined. Data revealed viral sequences of PCV2, porcine parvovirus type 1 through 6 (PPV1-6), torque teno sus virus (TTSuV) types 1b, k2a and k2b and circular replication-associated protein (Rep) encoding single-stranded (CRESS) DNA viruses. The occurrences of PCV2, PPV1-5 and TTSuV have already been described in pigs with PMWS, so this study reinforces previous results. PPV6 was recently described in China, Europe and the United States, and the studies did not correlate the virus to any specific disease. CRESS DNA viruses have been identified on all continents in various types of samples, including swine feces, but without any connection to animal diseases. The present study is the first report of PPV6 and CRESS in pigs presenting PMWS signals. However, further studies are necessary to be able to attribute the relationship between PPV6 and CRESS in the development of SMDS