Utilização de sensores óticos na deteção de agentes patogénicos nas plantas

Dissertação de Mestrado, Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2016A cultura dos citrinos tem grande impacto económico a nível mundial. Um dos principais agentes patogénicos que afeta os citrinos é o Citrus tristeza virus (CTV), um closterovirus responsável pela morte de milhões de árvores em todo o mundo. Dada a importância da deteção do CTV numa fase inicial da infeção para o controlo da disseminação do vírus, avaliou-se neste trabalho a possibilidade de usar métodos óticos para distinguir plantas saudáveis de infetadas. Embora a maioria dos trabalhos publicados onde são utilizadas técnicas espectroscópicas o façam numa perspetiva de deteção remota para separação de plantas controlo de plantas infetadas com sintomas explícitos da presença de vírus, os testes neste trabalho foram realizados nas variedades Citrus clementina hort. ex Tanaka cv. Fina e Citrus sinensis (L.) Osbeck cv. Valencia late, mantidas em estufa, que se mostraram assintomáticas seis meses após a infeção com o isolado do CTV T318A e ao longo do tempo que durou este trabalho. Foram feitas medições dos espectros de refletância e transmitância das folhas nas regiões do visível e infravermelho próximo e da fluorescência da clorofila a, desde Outubro de 2014 a Abril de 2015. Todo o pré-tratamento aplicado aos espectros e análise dos mesmos foi feito através de programação em R, incluindo técnicas de análise multivariada, que permitiram a redução do elevado volume de dados a um conjunto de variáveis que descrevem o essencial da variabilidade do problema. Para validação das técnicas espectroscópicas, foi feita a deteção do CTV através do método convencional IC/RT-PCR e por real time PCR. Os métodos moleculares detetaram a presença do vírus em três plantas de cada variedade. Os resultados deste trabalho indicam que é possível detetar a infeção viral, mesmo quando assintomática, através da monitorização dos padrões de evolução temporal dos espectros com uma taxa de sucesso superior a 90%