SNP Assoziationsstudien multifaktorieller Erkrankungen auf Chromosom 6p.

Kopplungsregionen multifaktorieller Erkrankungen umfassen meist mehrere Megabasen und können ein oder mehrere Suszeptibilitätsgene beinhalten. Assoziationsanalysen zur Identifizierung der relevanten Gene sind kosten- und zeitintensiv. In der vorliegenden Arbeit wurden SNP-Assoziationsanalysen auf Chromosom 6p21 für Asthma, erhöhtes Immunglobulin E, atopische Dermatitis, Morbus Crohn, Schizophrenie und Typ 1 Diabetes durchgeführt. Hierfür wurde eine neu entwickelte Methode der Allelfrequenzbestimmung an gepoolter DNA mittels MALDI-TOF MS etabliert. Allelfrequenzen von 546 SNPs wurden durch Mehrfachmessungen an 8 Erkrankungspools und einem populationsbasierten Kontrollpool bestimmt. Die Allelfrequenzdifferenzen verschiedener Pools zeigen die genetische Verwandtschaft assoziierter Phänotypen und bestätigen die Validität des Kontrollpools. Typ 1 Diabetes Proben dienten als Positivkontrolle des Pooling-Ansatzes, da die Assoziation von T1D zu HLA-DR und HLA-DQ bereits bekannt war. Darüber hinaus konnten die Ergebnisse durch Einzelgenotypisierung bestätigt werden. Ferner konnten neue Gene identifiziert werden, wie die HLA Klasse IV Region für extrinsisches Asthma und atopische Dermatitis, die distale HLA Klasse I Region für Schizophrenie sowie die proximale HLA Klasse I Region und HLA Klasse II Region für Morbus Crohn. Aufgrund des durchschnittlichen Detektionslimits von 5% Allelfrequenz und einer mittleren Abweichung der Allelfrequenzdifferenz von 2% eignet sich die Methode damit unter Voraussetzung eines Kopplungsungleichgewichts von häufigen SNPs zum indirekten bzw. direkten Nachweis assoziierter SNPs. Die Allelfrequenzdifferenzbestimmung verschiedener Pools ist zudem eine kostengünstige Screening-Methode. Da Hardy-Weinberg-Gleichgewichtsabweichungen im Pool nicht ersichtlich sind bzw. genotypische Effekte nicht zuordenbar sind, sollten signifikante Ergebnisse durch Einzelgenotypisierung verifiziert werden. Die familiäre Transmission der im Pooling-Ansatz identifizierten und mittels Einzelgenotypisierung validierten Asthmamarker zeigen nur geringe Signifikanz. Es konnte jedoch als Verifizierung der Ergebnisse die Assoziation von MICB, LST1 und AIF1 zu allergischem Asthma nachgewiesen werden. Alle drei Gene könnten durch immunmodulatorische Funktionen oder Einfluss auf die Proliferation der Blutgefäße und Polymerisierung von F-Aktin bei der Ausprägung der Phänotypen involviert sein. Weitere Analysen dieser ca. 150 kb umfassenden Region, für welche zurzeit über 900 weitere SNP-Datenbankeinträge existieren, sollten die funktionelle Beteiligung der dort lokalisierenden Gene an der komplexen Pathophysiologie zeigen