A modelling approach to estimate the incidence of salmonellosis in humans in Portugal

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina VeterináriaEstimates of foodborne illness are relevant for setting food safety priorities and making public health policies. Salmonella spp. is one of the most important pathogens causing foodborne disease. In 2010, despite its progressive decrease in the European Union (EU), the incidence of salmonellosis was still 21.5 cases per 100,000 inhabitants, with a total of 99,020 confirmed cases of human salmonellosis reported by the 31 countries of the EU Member States (MSs). The objectives of this study are to estimate the burden of illness of salmonellosis in Portugal, to account for the domestically acquired, foodborne illness, while identifying data gaps and areas for further research. Estimates of illness due to Salmonella were based on data from 2000-2010 of the Portuguese reported laboratory-based surveillance system, relevant international literature and the Portuguese census population for 2010. The model approach - Burden of Illness (BoI) - defined as the impact of a health problem in an area or population measured by the incidence or number of cases, required accounting for underreporting and underdiagnosis, and estimating the proportion of illness domestically acquired and through foodborne transmission. The uncertainty was accounted with Monte Carlo simulations with 100,000 iterations, generating a mean estimate and 90% credible interval, using the program @Risk 6 (Palisades Corporation). The estimated number of salmonellosis cases is approximately 93 (52,04 –111,23) times higher than the reported from surveillance (239 cases of salmonellosis in 2010). It was estimated that there were 22,201 (11,476 – 35,956) episodes of domestically acquired foodborne Salmonellosis in Portugal for 2010. The multipliers for underreporting and underdiagnosis in Portugal were of 1 and 111.23, respectively. This was the first study to estimate foodborne salmonellosis cases in Portugal.RESUMO - A análise de dados referentes à incidência de doenças de origem alimentar é crucial para a melhoria da segurança alimentar e para a revisão das políticas de Saúde Pública num país. A Salmonella spp. é um dos agentes etiológicos de zoonoses transmitidas por alimentos de maior relevância em todo o mundo. Em 2010, apesar da redução progressiva da sua incidência na União Europeia (EU), ainda se atingem valores de 21,5 casos de salmonelose por 100.000 habitantes nos 31 Estados-Membro (EM) da UE. Este estudo teve por objectivos: calcular a “Carga de Doença” causada por Salmonella spp. em Portugal; estimar os casos de salmonelose domesticamente adquiridos e de origem alimentar; e identificar lacunas no sistema de vigilância existentes, propondo linhas de investigação futuras. Os dados obtidos para calcular a incidência de salmonelose em Portugal, num período de tempo entre 2000 e 2010, foram recolhidos no sistema de vigilância de índole laboratorial; em artigos científicos e no recenseamento da população Portuguesa em 2010. O modelo criado, descrito como o que estima a “Carga da Doença”, caracteriza o impacto de um problema de saúde numa área ou população, através da incidência ou do número de casos observados. Faz ajustamentos para possíveis casos que não são reportados pelo sistema de vigilância e para casos que, apesar de existirem, não foram diagnosticados. Termina por calcular a proporção de casos de salmonelose contraídos por via alimentar e adquiridos domesticamente, incorporando a incerteza que os resultados possam acarretar. A incerteza foi calculada pelo método Monte Carlo, no programa @Risk 6 (Palisade Corporation), com simulações de 100.000 iterações, criando uma média estimativa e intervalos de credibilidade de 90%. O modelo de “Carga de Doença” gerou ocorrências de casos de salmonelose, 93 (52,04 –111,23) vezes superiores aos reportados pelo sistema de vigilância vigente (239 casos de salmonelose em 2010). Em 2010, foram estimados 22,201 (11,476 – 35,956) episódios de salmonelose transmitida por via alimentar e adquirida domesticamente. Os “multiplicadores” obtidos para a “subnotificação” e o “subdiagnóstico” foram, respectivamente, de 1 e 111,23. Este trabalho, pioneiro no cálculo da incidência de casos de salmonelose em Portugal por exposição alimentar, pretende ser um contributo válido e rigoroso para o estudo científico de uma doença, de grande incidência e da maior importância, em saúde pública