Filogenia e taxonomia do gênero Diaporthe e a sua aplicação no controle biológico da mancha preta dos citros

Orientadores : Profª Drª Chirlei Glienke, PhD Pedro CrousCo-orientadora : Profª Drª Vanessa Kava CordeiroTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 31/07/2012Inclui referênciasÁrea de concentração : GenéticaResumo: Espécies do gênero Diaporthe (Phomopsis) têm sido descritas em uma ampla gama de hospedeiros como fitopatogênicas, endofíticas, saprofíticas e recentemente foram descritas causando problemas de saúde em humanos e outros mamíferos. Esse trabalho teve como objetivo reavaliar o gênero Diaporthe através de análise taxonômica e filogenética e esclarecer a taxonomia de Diaporthe endofíticos com potencial antagonista contra Phyllosticta citricarpa agente causal da Mancha Preta dos Citros. No presente estudo nós investigamos 243 isolados usando dados de sequências de DNA em multilocus. Foram selecionados dentre nove genes os cinco melhores para resolução taxonômica. As regiões gênicas selecionadas, região espaçadora interna transcrita do rDNA (ITS1, 5.8S, ITS2), regiões parciais dos genes fator 1-alfa de elongação da tradução (TEF1), beta-tubulina (TUB), histona H3 (HIS) e calmodulina (CAL), resolveram 95 clados. Quinze novas espécies foram descritas, Diaporthe arengae, D. brasiliensis, D. endophytica, D. hongkongensis, D. inconspicua, D. infecunda, D. mayteni, D. neoarctii, D. oxe, D. paranensis, D. pseudomangiferae, D. pseudophoenicicola, D. raonikayaporum, D. schini and D. Terebinthifolii, Quatorze novas combinações foram introduzidas em Diaporthe e a espécie D. anacardii foi epitipificada. A taxonomia de Diaporthe endófitos das plantas medicinais Spondias mombin, Schinus terebinthifolius, Aspidosperma tomentosun e Maytenus ilicifolia com potencial antagonista contra P. citricarpa foi esclarecida. Embora as espécies de Diaporthe no passado tenham sido identificadas principalmente com base na associação com o hospedeiro, os resultados deste estudo confirmam que o mesmo táxon pode estar associado a diferentes hospedeiros, o que sugere que eles se movem livremente entre os mesmos. Em contrapartida, alguns patógenos de plantas e endofíticos parecem ser estritamente restritos a determinado hospedeiro. Devido ao comportamento de diversidade ecológica entre os membros do gênero Diaporthe, esse trabalho sugere que descrições de novas espécies ocorram apenas quando empregados dados moleculares.Abstract: Species in the genus Diaporthe (Phomopsis) have been reported as plant pathogens, non-pathogenic endophytes or saprobes from a wide range of hosts and have also been recently reported as the cause of health problems in humans and other mamals. The current study aimed to resolve the taxonomy and phylogeny of a large collection of Diaporthe species occurring on diverse hosts, either as pathogens, saprobes, or as harmless endophytes, including endophytic Diaporthe with antagonistic potentials against the Phyllosticta citricicarpa the causative agent for Citrus Black Spot. In the present study we investigated 243 isolates using multilocus DNA sequence data. Nine genes were evaluated and the five best have been selected for taxonomic resolution. The selected gene regions were the rDNA internal transcribed spacer (ITS1, 5.8S, ITS2) region, and partial translation elongation factor 1-alpha (TEF1), beta-tubulin (TUB), histone H3 (HIS) and calmodulin (CAL) genes resolved 95 clades. Fifteen new species are described, namely Diaporthe arengae, D. brasiliensis, D. endophytica, D. hongkongensis, D. inconspicua, D. infecunda, D. mayteni, D. neoarctii, D. oxe, D. paranensis, D. pseudomangiferae, D. pseudophoenicicola, D. raonikayaporum, D. schini and D. terebinthifolii. A further 14 new combinations are introduced in Diaporthe, and D. anacardii is epitypified. The taxonomy of endophyte Diaporthe from the medicinal plants Aspidosperma tomentosun, Maytenus ilicifolia, Spondias mombin and Schinus terebinthifolius, with antagonistic potential against P. citricicarpa was clarified. Although species of Diaporthe have in the past chiefly been distinguished based on host association, results of this study confirm several taxa to have wide host ranges, suggesting that they move freely among hosts, frequently co-colonising diseased or dead tissue. In contrast, some plant pathogenic and endophytic taxa appear to be strictly host specific. Given this diverse ecological behaviour among members of Diaporthe, the current study suggests that new species descriptions should only happen when there is molecular data