Re-anotação do genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 com dados de transcriptoma por RNA_Seq

Orientadora : Profª. Drª. Rose Adele MonteiroCo-orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães CruzCo-orientador : Prof. Dr. Emanuel Maltempi de SouzaDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 02/04/2014Inclui referênciasResumo: As plantas necessitam do Nitrogênio para sintetizar várias moléculas que são essenciais para sua sobrevivência, porém, não conseguem fixá-lo a partir do ar atmosférico. É neste contexto que entram em cena as bactérias diazotróficas, que interagem com as plantas e fixam o nitrogênio atmosférico convertendo-o a uma forma que pode ser assimilada pelas plantas, contribuindo para o crescimento vegetal. Tendo em vista a importância destas bactérias para o desenvolvimento da agricultura, em 2011, foi sequenciado o genoma completo da bactéria diazotrófica Herbaspirillum seropedicae SmR1 pelo Programa Genoma do Paraná (Genopar). Posteriormente, foram obtidos dados do transcriptoma desta bactéria crescida em diferentes condições ambientais: NFbHPN-Malato, NFbHPN-Malato-Naringenina, NFbHP-Malato-Nitrato, Planctônico-milho-1dia, Planctônico-milho-3dias, Aderido-milho- 1dia, Aderido-milho3dias, Planctônico- trigo, Aderido-trigo, NFbHPN-Malato-Alto Oxigênio, NFbHPN-Malato-Baixo Oxigênio. A análise dos transcriptomas com base nos dados de RNA-Seq permitiu a identificação de novos genes, a localização dos genes essenciais e de operons, bem como de ncRNAs. A identificação de novos genes permite a reanotação do genoma de H. seropedicae com base nos dados de RNA-Seq. Palavras-chaves: Herbaspirillum seropedicae, diazotrófica, transcriptoma, RNA-Seq.Abstract: Plants need nitrogen to synthesize various molecules that are essential for their survival, however, they can not fix it from atmospheric air. Diazotrophic bacteria, can fix atmospheric nitrogen by converting it to a form that can be assimilated by plants, contributing to plant growth. In 2011, the genome of the diazotrophic bacteria called Herbaspirillum seropedicae SMR1 was sequenced by Genome Program of Paraná (Genopar). Subsequently, we obtained data from the transcriptome of this bacterium under different environmental conditions: NFbHPN-Malate, NFbHPN-Malate-Naringenin, NFbHP-Malate-Nitrate, Planktonic–maize-1day, Planktonic-maize-3 days, maize root attached 1 day-, maize root attached 3 days, Planktonic-wheat, wheat root attached, NFbHPN-Malate-High Oxygen, NFbHPN-Malate-Low Oxigen. The analysis of the transcriptome data based on RNA Seq allowed the identification of new genes, the location of the essential genes and operons, as well as non-coding RNA.The identification of new genes permit the reanotation of the H. seropedicae genome of based on RNA - Seq data. Keywords: Herbaspirillum seropedicae, diazotrophic, transcriptome, RNA - Seq