Estudo da diversidade genética do MycobacteriUm leprae em pacientes com hanseníase no município de Rondonópolis (MT): uma contribuição para o melhor entendimento da sua transmissão

The municipality of Rondonópolis, in Mato Grosso is highly endemic for leprosy despite the existence of qualified services for diagnosis and monitoring of cases and the implementation of multidrug therapy. To address this paradox, a comprehensive molecular epidemiology study was initiated. Structured questionnaires including clinical, residential, demographic, and occupational details and skin samples for diagnosis and laboratory tests were collected for 260 patients diagnosed during the period of 2007-2010. Genotypes of Mycobacterium leprae were determined using STR analysis and SNP typing using DNA extracts from skin biopsies taken before starting treatment. GoogleMaps was used to localize patients. The patients ranging in age from 11 to 90 years included 137 males and 123 females. According to the classification of Ridley & Jopling observed a predominance of forms TT (39%) and BT (33%), followed by BB (19%), BL (5%), LL (3%) and I (1%). The city is primarily urban with 200,000 inhabitants and the patients could be assigned to 106 smaller units (villages). Neighborhoods of high endemicity encompassing adjoining villages could be detected. Of the 260 biopsy DNA samples analyzed across 17 STR loci, 15 loci were polymorphic (2-23 alleles), while the loci 6-3a and 21-3 were not. When we analyzed the genotypes of the SNP we observed that 77% (n = 200) were genotype 3: 16% (n = 41) genotype 4, 1.5% (n = 4) genotype 1 and 3, 8% (n = 10) 2 genotype. Two samples (0.76%) to differentiate genotype 1 and 2 the sequencing analysis was inconclusive and the other three samples (1.15%) did not amplification. Through phylogenetic analysis, we observed a particular population structure composed of some subgroups. Multiple STR strain types are found in each of the neighborhoods. Genetic diversity within and among the neighborhoods does not reveal a distinct population structure. Spatial clustering of patients is likely a consequence of socio-economic ...O município de Rondonópolis, no Mato Grosso é altamente endêmico para a hanseníase, apesar da existência de serviços qualificados para o diagnóstico e acompanhamento dos casos e a implementação da poliquimioterapia. Para resolver este paradoxo, um estudo completo de epidemiologia molecular foi iniciado. Questionários estruturados, incluindo detalhes clínicos, residencial, demográficas e ocupacionais, amostras biópsias de pele e outros exames laboratoriais para diagnóstico foram coletadas para 260 pacientes diagnosticados no período de 2007-2010. Genótipos de Mycobacterium leprae foram determinados pela a análise por STRs e tipagem de SNP utilizando DNA extraído de biópsias de pele antes de iniciar o tratamento. GoogleMaps foi utilizado para localizar os pacientes. A média de idade dos pacientes variou na faixa dos 11 aos 90 anos e incluiu a 137 homens e 123 mulheres. De acordo com a classificação Ridley & Jopling observamos um predomínio das formas TT (39%) e BT (33%), seguido por BB (19%), BL (5%), LL (3%) e I (1%). A cidade é essencialmente urbana, com 200.000 habitantes e os pacientes estavam distribuídos em 106 bairros. Bairros de alta endemicidade englobando bairros vizinhos puderam ser detectados. Das 260 amostras de DNA de biópsias foram analisadas por meio de 17 loci STRs, 15 loci foram polimórficos (2-23 alelos), enquanto que os loci de 6-3A e 21- 3 foram invariáveis. Quando foram analisados os genótipos do SNP observou-se que 77% (n = 200) foram genótipo 3, 16% (n = 41), o genótipo 4, 1,5% (n = 4), o genótipo 1 e 3, 8% (n = 10 ) genótipo 2. Duas amostras (0,76%) para diferenciar o genótipo 1 do 2 na análise de seqüenciamento foi inconclusivo e em outras três amostras (1,15%) não obtivemos amplificação. Por meio da análise filogenética, observou-se uma estrutura populacional composta por alguns subgrupos. Vários isolados tipados por STRs foram encontrados em cada um dos bairros. Diversidade..