KARAKTERISASI JAGUNG LOKAL NUSA TENGGARA TIMUR BERDASARKAN POLA PITA PROTEIN DAN PENANDA MOLEKULER RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Jagung (Zea mays) adalah tanaman yang mengandung banyak kalori (karbohidrat) yang sangat potensial sebagai bahan makanan pokok hampir setara dengan beras. Sejalan dengan kualitas jagung yang mempunyai nilai gizi tinggi, ternyata kebutuhan jagung dari tahun ke tahun selalu mengalami peningkatan. Agar jagung lokal kita seperti di Nusa Tenggara Timur tidak ditinggalkan oleh petani maka perlu kita tunjukkan keunggulan dan keanekaragamannya baik secara morfologi maupun genetik. Walaupun secara morfologi dan kandungan nilai gizi (karbohidrat, lemak dan protein) dari beberapa varietas jagung lokal di NTT telah diidentifikasi, tetapi secara molekuler belum ada satu penelitian pun yang melakukan tentang hal ini. Tujuan dari penelitian ini adalah menguji terjadinya variasi pola pita protein dan DNA berdasarkan penanda molekuler RAPD terhadap tujuh variates jagung lokal asal NTT yaitu varietas Pulut Lembata, Merah Lembata, Kuning Lembata, Kuning Adonara, Putih Flores Timur, Merah Flores Timur dan kuning Flores Timur. Primer yang digunakan dalam proses RAPD yaitu primer OPAX-07, OPY-04, OPAV-13 dan OPW-08. Pengambilan data dilakukan dengan cara 1) Seedling experiment dengan menanam biji jagung ke dalam polibag di glasshouse, 2) Isolasi protein biji dan daun jagung, 3) Elektroforesis protein biji dan daun jagung, 4) Isolasi DNA daun jagung dengan teknik CTAB, 5) Elektoforesis DNA, 6) Amplifikasi DNA dengan mesin PCR melalui metode RAPD, 7) Elektroforesis Produk PCR. Analisis data keragaman/variasi pola pita protein dan DNA menggunakan analisis gerombol (cluster analysis) dengan teknik berhierarki yang ada dalam program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System versi 2.02i (NTSYS) metode Sequential, Agglomerative, Hierarchical, and Nested Clustering (SAHN) (Rohlf, 1993). Selanjutnya pengelompokan itu ditampilkan dalam bentuk dendogram. Pita DNA yang dihasilkan dari keempat primer tersebut berukuran antara 80 bp sampai 450 bp. Jumlah maksimal pita DNA berkisar 4 (Primer OPAV-13) sampai 7 (Primer OPAX-07 dan OPY-04). Primer OPW-08 merupakan primer paling polimorfik dimana 100% pita yang dihasilkan berbeda. Analisis kluster pola pita protein biji menghasilkan dendrogram dengan KKG berkisar antara 89-100% atau keragaman genetik sebesar 0-11% dan pada protein daun dihasilkan KKG berkisar antara 78-100% atau keragaman genetik sebesar 0-22%. Sedangkan analisis kluster pola pita DNA menghasilkan dendrogram dg KKG berkisar antara 52-89% atau keragaman genetik sebesar 11-48%. Dari kedua karakteristik molekuler baik dari profil pola pita protein maupun pola pita DNA tersebut diketahui bahwa tingkat kemiripan antar varietas berdasarkan karakter protein lebih tinggi atau variasinya lebih sempit sedangkan karakter DNA menghasilkan variasi keragaman yang lebih luas. Kata kunci : Jagung lokal NTT, karakterisasi molekuler, penanda molekuler RAPD, keragaman genetik, pola pita protein, pola pita DNA. Kata kunci: Jagung lokal NTT, karakterisasi molekuler,penanda molekuler RAPD, keragaman genetik, pola pita protein, pola pita DN