5-Formylcytosin ist vermutlich eine semi-permanente Base an definierten Genompositionen

Die epigenetische Base 5-Formyl-2’-desoxycytosin (fdC) wurde kürzlich im Genom von Stammzellen entdeckt. Ihre Funktion ist bisher jedoch unbekannt. Daten aus Genomsequenzierungen zeigen eine Anreicherung in CpG Inseln von Promotoren, weshalb eine Beteiligung an der Regulation der Transkription während der zellulären Differenzierung angenommen wird. Auch ist fdC dafür bekannt von dem Enzym Thymin-DNA-Glykosylase (Tdg) erkannt und ausgeschnitten zu werden. Folglich wird angenommen, dass fdC als Intermediat während der aktiven Demethylierung auftritt. Um die Funktion der neuen epigenetischen Base fdC zu verstehen, ist es von großer Bedeutung dessen Bildung und Entfernung an definierten genomischen Positionen analysieren zu können. Im Folgenden beschreiben wir eine neue derartige Methode, die sequenzspezifische, chemische Derivatisierung von fdC mit Droplet Digital PCR kombiniert. Erste Ergebnisse zeigen, dass das Reparaturprotein Tdg nur 50% der fdCs an einer bestimmten Position im Genom entfernt, was auf semi-permanente Eigenschaften dieser Base hinweist