Cyclic epidemics on the crops of the agro-ecosystems: adaptation of fungi to varietal resistances

The control of fungal epidemics by the use of genetic resistances occupies a central place in my journey as a researcher. As an epidemiologist, I am studying the biology and population genetics of the fungus causing blackleg (Leptosphaeria maculans) in relation to the efficacy and stability of oilseed rape resistances in agro-ecosystems. As a backbone for my HDR manuscript, I propose to travel along this journey, showing why the use of the concept of "epidemics" was locking our conceptualization of epidemiologists, focussing the work on the scale of the field during the cropping season; and then how my work on natural populations (of snails) allowed me to enlarge my vision of agronomist. Such knowledge allowed me to work towards the joint consideration of epidemiology and population genetics in the study of the transmission of progenies across successive cropping seasons. In particular, I have produced knowledge on the production of inoculum at the end of the epidemics, and the dissemination across fields. Alongside the production of knowledge, my investment in theory helped me to propose a framework in which epidemiology - provided it is thought of as cyclic epidemics - can foster dialog between genetics and agronomy, between dynamics and evolution of populations. This opens the prospect of working in agro-ecosystems, on the coevolution between pathogen (the fungi) metapopulations, and host (the plants) metapopulations, under the influence of human actions.La maîtrise des épidémies fongiques par l'utilisation de résistances génétiques occupe une place centrale dans mon parcours de recherches. En tant qu'épidémiologiste, j'étudie la biologie et la génétique des populations du champignon responsable du phoma (Leptosphaeria maculans) en relation avec la stabilité de l'efficacité des résistances du colza dans les agro-écosystèmes. Comme trame à mon rapport d'HDR, je propose de revenir sur ce parcours en montrant en quoi l'utilisation du concept d'"épidémie" verrouillait notre conception d'épidémiologistes en focalisant les travaux sur l'échelle de la parcelle pendant la saison culturale ; puis comment mes travaux sur les populations naturelles (d'escargots) m'ont permis d'enrichir ma vision d'agronome. Ces connaissances m'ont permis de travailler à renforcer la prise en compte conjointe de l'épidémiologie et de la génétique des populations en étudiant la transmission de descendants entre saisons culturales. J'ai en particulier produit des connaissances sur la production d'inoculum à l'issue de la saison culturale et sur la dissémination entre parcelles. En parallèle à la production de connaissances, mon investissement théorique m'a permis de proposer un cadre dans lequel l'épidémiologie - à condition de la penser en termes d'"épidémies cycliques" - peut permettre le dialogue entre génétique et agronomie, entre dynamique et évolution des populations. Ceci ouvre la perspective de travailler dans les agro-écosystèmes, sur la coévolution entre métapopulations pathogènes (les champignons) et métapopulations hôtes (les plantes), sous l'influence des actions humaines