Matrix assisted laser desorption/ionisation time of flight mass spectrometry zur Identifizierung von Mikroorganismen in der pharmazeutischen Produktion

Die Keimidentifizierung mittels Matrix assisted laser desorption ionization time of flight massspectrometry (MALDI-TOF MS) auf Spezies Ebene ist bei Boehringer Ingelheim RCV bereits etabliert und wird routinemäßig durchgeführt. Dabei werden die vermessenen Proben mit einer Datenbank der Firma Bruker Daltonik abgeglichen (verifiziert) und Ergebnisse auf Spezies-Ebene erhalten. Durch Erweitern der Datenbank um die Produktionsstämme aus der biopharmazeutischen Fermentation könnte die Analysenmethode auf dieser Ebene des Gesamtprozesses der Routineanalytik bereits Ergebnisse auf Stamm-Ebene liefern (verifizierbar). Die Erstellung der Datenbank konnte mit einer Identifizierung auf Stamm-Ebene von 79,2 % und einer Identifizierungsrate von 61,6% auf Plasmid-Ebene für die ausgewählten zehn Stämme von Escherichia coli erfolgreich durchgeführt werden. Die Erstellung von zusätzlichen Einträgen aus drei Stämmen Pseudomonas fluorescens mit einer Identifizierungsrate von 98,8 % konnte ebenfalls realisiert werden.The identification of microorganisms via matrix assisted laser desorption/ionization on species level is already established at Boehringer Ingelheim RCV and is executed routinely. According to the procedure the measured samples will be compared to a database of the company Bruker Daltonik (verified) and generates results on species level. Extension of the existing Database by adding production strains of the biopharmaceutical fermentation provides the possibility of generating results on strain level within this state of the whole analytic procedure (verifiable). Creation of an internal database could be realized successfully with an identification rate of 79,2% on strain level and of 61,6 % on plasmid level for ten different production strains of Escherichia coli. The creation of an additional database containing three different strains of Pseudomonas fluorescens with an identification rate of 98,8 % could be performed successfully as well