Ecology and integrative taxonomy of biting midges of the genus Culicoides Latreille (Diptera Ceratopogonidae) in the Afrotropical region.

Dans un contexte d’émergence ou de réémergence des maladies à transmission vectorielle, certaines espèces de Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae) sont impliquées dans la transmission de certains virus (Reoviridae : Orbivirus) et de nématodes (Onchocercidae : Mansonella) en région Afrotropicale. Cependant, le schéma systématique et taxonomique ainsi que la bio-écologie des espèces d’intérêt vétérinaire restent à explorer. Ce travail de taxonomie intégrative a pour objectifs de réaliser (i) une révision systématique et taxonomique des espèces appartenant à des sous-genres et des groupes d’intérêt à partir de phylogénie moléculaire multi-marqueur et de délimitation d’espèces, et (ii) de développer des outils moléculaires pour l’étude de la bio-écologie des espèces d’intérêt vétérinaire et de la dynamique de leurs populations d’immatures. Nos résultats mettent en évidence (i) la présence de trois clades monophylétiques le groupe d’espèces Imicola, le groupe d’espèces Milnei et le sous-genre Remmia, (ii) une nouvelle espèce pour la science nommée C. sp. #22 et affiliée au sous-genre Avaritia, groupe Imicola, (iii) la présence d’une nouvelle espèce non-décrite nommée C. sp. #54 appartenant au groupe d’espèces Dasyops, sous-genre Avaritia, (iii) d’affilier les groupes d’espèces Similis et Neavei au sous-genre Synhelea et, (iv) de poser l’hypothèse d’une présence d’espèces cryptiques au sein de C. oxystoma (sous-genre Remmia). D’un point de vue bio-écologique, le travail réalisé combinant suivi entomologique et identification moléculaire avec une librairie de séquences barcodes a permis de décrire le comportement trophique de C. imicola, C. kingi et C. oxystoma ainsi que leurs habitats larvaires dans des environnements équins de la zone des Niayes au Sénégal. L’ensemble de ce travail permet de compléter le corpus de connaissances sur le genre Culicoides en région Afrotropicale afin d’améliorer la compréhension de l’épidémiologie des pathogènes transmis et proposer des pistes de recherches pour mieux contrôler les populations immatures et adultes des espèces vectrices afin de mieux anticiper et prévenir des évènements sanitaires.In a context of emergence or re-emergence of vector-borne diseases, certain species of Culicoides (Diptera: Ceratopogonidae) are involved in the transmission of certain viruses (Reoviridae: Orbivirus) and nematodes (Onchocercidae: Mansonella) in the Afrotropical region. However, the systematic and taxonomic schemes as well as the bio-ecology of species of veterinary interest remain to be explored. This work of integrative taxonomy aims to achieve (i) a systematic and taxonomic revision of species belonging to subgenera and groups of veterinary interest using a multi-marker molecular phylogeny and species delineation, and (ii) to develop molecular tools for studying the bioecology of species of veterinary interest and dynamics of their immature populations. Our results show (i) the presence of three monophyletic clades, the Imicola group, the Milnei group and the subgenus Remmia, (ii) a new species for science named C. sp. # 22 and affiliated into the subgenus Avaritia, Imicola group, (iii) the presence of a new undescribed species named C. sp. # 54 belonging to the Dasyops group, subgenus Avaritia, (iii) affiliating the Similis and Neavei species groups to the subgenus Synhelea, and (iv) cryptic species within C. oxystoma (subgenus Remmia). From a bioecological point of view, this work combining entomological follow-up and molecular identification with a library of barcode sequences allowed to describe the trophic behavior of C. imicola, C. kingi and C. oxystoma as well as their larval habitats in equine environments of the Niayes area in Senegal. This work completes the corpus of knowledge about the genus Culicoides in the Afrotropical region to improve our knowledge on the epidemiology of the transmitted pathogens and to propose research tracks to better control the immature and adult populations of the vector species in order to better anticipate and prevent Culicoides-borne diseases outbreaks