PA7, an atypical strain of Pseudomonas aeruginosa : Transcriptomic study and characterization of a third functionnal type II secretion system, Txc

Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste qui est caractérisée par son ubiquité et sa grande capacité adaptative. Cette faculté lui est notamment permise par de nombreux systèmes de perception et de régulation, la sécrétion d'un large arsenal d'exoprotéines, une capacité à alterner entre deux modes de vie, une haute résistance naturelle aux antibiotiques ainsi qu'un génome riche soumis à une importante plasticité génomique. Cette dernière, associée aux pressions de sélection exercées par la grande diversité d'environnements rencontrés par P. aeruginosa, a permis l'émergence de nombreuses souches aux caractéristiques génotypiques et phénotypiques qui leur sont propres. Durant ma thèse, nous avons réalisé une analyse transcriptomique globale comparative entre les souches connues PA14, PAO1 et un nouvel isolat clinique atypique multirésistant aux antibiotiques, la souche PA7. Cette étude nous a permis de suggérer que cette souche, dépourvue des armes principales de la cytotoxicité, tendait naturellement vers un mode de développement associé à la formation de biofilm. Nous avons également caractérisé l'îlot génomique RGP69, unique à la souche PA7 qui code un troisième système de sécrétion de type II, Txc, qui sécrète dans le milieu extracellulaire une protéine d'affinité à la chitine, CbpE, sous le contrôle régulationnel d'un nouveau système de régulation à deux composants, Tts. Cet îlot génomique serait directement impliqué dans la physiologie particulière de la souche PA7.Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic bacterial pathogen, characterized by its ubiquity and its high adaptative property. This faculty is particularly due to many systems of perception and regulation, the secretion of a wide arsenal of exoproteins, an ability to switch between two life styles, a high natural resistance to antibiotics and a rich genome submitted to an important genomic plasticity. The latter, combined with the selection pressure exerted by the wide variety of environments encountered by P. aeruginosa, has allowed the emergence of many strains with their own genotypic and phenotypic characteristics.During my thesis, we performed an overall comparative transcriptomic analysis between the known strains PA14 and PAO1, and a new atypical clinical isolate multiresistant to antibiotics, the PA7 strain. This study allowed us to determine that this strain, lacking the main weapons of cytotoxicity, naturally tended to a life-style associated with biofilm formation. We also characterized the RGP69 genomic island, unique in the PA7 strain, which encodes a third type II secretion system, Txc, that secretes in the extracellular medium a chitin-binding protein, CbpE, under the regulatory control of a component system, Tts. This genomic island could be directly involved in the particular physiology of the PA7 strain