Towards the development of an integrated surveillance system for exotic abortive diseases in French cattle : evaluation of clinical surveillance and exploration of complementary syndromic surveillance systems

La surveillance des maladies abortives chez les bovins actuellement absentes du territoire (dites maladies exotiques), parmi lesquelles figure la brucellose, constitue un cas emblématique de système de surveillance à faire évoluer. Cette surveillance n'est réellement organisée que pour la brucellose. Pour cette maladie, la surveillance évènementielle basée sur la déclaration obligatoire de tout avortement (DA) constitue la pierre angulaire de la surveillance, mais souffre de l'avis de l'ensemble des acteurs, d'une forte sous-déclaration, sans que cela ait été évalué. Dans le cadre de cette thèse, l'évaluation approfondie du dispositif de DA a permis de quantifier la faible sensibilité de ce dispositif et d'identifier l'influence de différents facteurs, structurels, humains et sanitaires, sur le processus de déclaration. En parallèle, des données démographiques et de reproduction, collectées respectivement à des fins de traçabilité des animaux et d'amélioration des performances génétiques, ont été utilisées pour élaborer des indicateurs indirects de survenue d'avortements. La modélisation des variations temporelles et spatio-temporelles de ces indicateurs a souligné la capacité d'outils de surveillance syndromique à identifier la survenue d'évènements abortifs à l'échelle individuelle et des élevages. Au vu de ces travaux, l'amélioration de la surveillance des maladies exotiques abortives passe par le renforcement du dispositif de DA et le développement d'outils de surveillance syndromique. Plus globalement, dans un contexte où les risques d'apparition de maladies exotiques ou émergentes et les formes épidémio-cliniques qu'elles revêtiraient sont très difficilement prévisibles, il apparaît nécessaire de revisiter la surveillance des maladies exotiques et émergentes en définissant des systèmes de surveillance intégrée, déclinés par filière de production, associant différentes modalités de surveillance. De tels systèmes, en couvrant des maladies connues ou non, présentes sous forme clinique ou asymptomatique, et sous forme sporadique, épizootique ou diffuse, optimiseraient les chances de détecter les maladies exotiques ou émergentesThe surveillance system for exotic abortive diseases in French cattle (i.e. abortive diseases that are not currently found in France), such as brucellosis, is a typical example of a surveillance system that is in need of improvement. This type of surveillance only actually exists for brucellosis. Clinical surveillance is the cornerstone of brucellosis surveillance and consists in the mandatory notification of each bovine abortion. However, while no quantitatively assessments have been made, it is common knowledge that this type of surveillance suffers from high levels of under-reporting. By providing an in-depth assessment of the bovine abortion notification surveillance system, we quantified its low sensitivity and identified the influence of structural, human and health factors on how decisions to report abortions are taken. In addition, demographic and reproductive data, collected for purposes of traceability and for genetic performance improvement, were used to devise indirect indicators of abortion occurrence. By modeling the temporal and spatio-temporal variations of these indicators, we highlighted the ability for syndromic surveillance systems to identify the occurrence of abortive events at individual and herd scale. Based on these studies, improving exotic abortive disease surveillance requires revising the mandatory notification surveillance system and developing syndromic surveillance systems. More generally, considering the difficulties in predicting the occurrence of exotic or emerging diseases and their clinical and epidemiological forms, it is necessary to reorganize the surveillance of exotic diseases by setting up integrated surveillance systems that would include different surveillance modalities. Such surveillance systems, implemented by production sector, would focus on known or unknown diseases, showing clinical or subclinical forms, and sporadic, epizootic or diffuse patterns, and would thus maximize the ability to detect exotic or emerging disease