Study of the diversification of birds and mammals using a phylogenetic approach.

Comprendre l'émergence des patrons de richesse biologique sur Terre intéresse les écologues et les biologistes de l'évolution depuis des décennies. La diversité en un lieu résulte d'une combinaison de processus liés à la diversification, à la dispersion et au temps. Afin d’évaluer le rôle relatif de ces différents facteurs pour mieux comprendre comment les patrons de diversité se sont mis en place, nous utilisons ici les méthodes les plus récentes basées sur des phylogénies moléculaires. Dans une première partie, nous nous sommes intéressés au gradient latitudinal de diversité des mammifères: le fait qu'il y ait plus d'espèces dans les régions tropicales que dans les régions tempérées. Pour les mammifères, nous montrons que dans les tropiques, la spéciation est plus forte, et l'extinction plus faible que dans les zones tempérées. Chez les carnivores, cependant, nous montrons que le gradient latitudinal de diversité pourrait être indépendant des taux de diversification, mais plutôt expliqué par une dispersion forte des zones tempérées vers les zones tropicales. Dans une deuxième partie, nous nous sommes intéressés à l'identification de facteurs intrinsèques et extrinsèques pouvant jouer un rôle dans la diversification des lignées. Nous avons choisi d'étudier l'impact de la migration sur la diversification des oiseaux et l'impact de la température sur la diversification des mammifères. Dans une dernière partie, et dans le contexte du réchauffement climatique actuel, nous nous sommes interrogés sur la façon d'utiliser les outils phylogénétiques pour conserver la biodiversité.Understanding how specific richness is distributed on Earth has been a priority for ecologists and evolutionary biologists for decades. Species richness in a given place results from a combination of processes linked to diversification rates, dispersal rates, and time. In order to evaluate the relative role of these different factors and gain a better understanding of how biodiversity patterns have been shaped, we use up-to-date methodologies, based on molecular phylogenies. The first part concerns the latitudinal diversity gradient, that is how species richness decreases from the tropics to the temperate regions. For mammals, we show that speciation is higher and extinction lower in the tropics than in temperate regions. For Carnivora, however, we show that the latitudinal diversity gradient could be independent from diversification rates, and rather explained by high rates of dispersal from temperate to tropical regions. The second part is focused on the identification of intrinsic and extrinsic factors that might play a role in the diversification of lineages. We study the impact of migration on bird diversification and the impact of temperature on mammal diversification. Finally, we investigate if and how phylogenetic inference tools can be useful for the conservation of biodiversity in a changing world