Genomic study of familial breast cancer

La découverte des gènes BRCA1 et BRCA2, ainsi que leurs altérations constitutionnelles dans les formes familiales de cancer du sein, a conduit à la prise en compte en pratique médicale des syndromes de prédisposition héréditaire de ce cancer (5% des cas). Cependant, une altération délétère de l’un de ces gènes n’est détectée que dans 30 % des cas environ. Plus de la moitié des suspicions cliniques de prédisposition héréditaire au cancer du sein reste aujourd’hui inexpliquée sur le plan mutationnel, même si de nombreux autres gènes ont été impliqués dans la majoration du risque de survenue du cancer du sein (TP53, PTEN, FGFR2), témoignant d’une importante hétérogénéité génétique. Récemment, des profils transcriptionnels ou génomiques ont été testés pour prédire l’implication de BRCA1 ou BRCA2 avec une certaine efficacité. Il est donc possible que d’autres gènes de prédisposition au cancer du sein, dénommés BRCAx, occasionnent la survenue de tumeurs au profil génomique et/ou transcriptionnel spécifique, caractérisant ainsi autant d’endophénotypes tumoraux. Notre projet consiste en l’étude par CGH-array et puces d’expression de 103 échantillons tumoraux avec une forte suspicion familiale. L’analyse de nos résultats suggère l’existence de sous-groupes tumoraux aux profils génomiques bien différenciés. De plus, nous avons pu établir une signature des tumeurs BRCA1, des tumeurs BRCA2, et des cancers du sein intervenant dans le cadre d’un syndrome de la maladie de Cowden.The discovery of the BRCA1 and BRCA2 genes, along with their germline alterations in familial forms of breast cancer, led to the recognition of hereditary cancer predisposition syndromes in clinical practice (5% of cases). However, a deleterious alteration in one of these genes is not detected in approximately 30% of cases. To date, the underlying genetic cause of more than half of clinically suspected hereditary breast cancer predisposition remains unidentified despite the fact that several other genes have been associated with an increased risk of breast cancer (TP53, PTEN, FGFR2), demonstrating that there is significant genetic heterogeneity in this form of cancer. Transcriptomic and genomic profiles linked to BRCA1 or BRCA2 alterations have recently been identified and were used to predict (with a certain efficacy) if these genes are implicated in other breast cancers. It is therefore possible that other breast cancer predisposition genes (named BRCAx) could associate with breast cancer risk in transcriptomic and/or genomic profiles and characterise novel tumour endophenotypes. The project consists of a CGH-array and microarray study of 103 tumour samples from patients with clinically diagnosed familial breast cancer. Our results provide evidence of the existence of tumour subgroups with significantly different genomic profiles. In addition, we were able to establish a signature for BRCA1 tumours, another for BRCA2 tumours and a third signature for breast cancers resulting from Cowden syndrome