Molecular typing of Fusarium solani species complex and determination of its resistance mechanism to voriconazole

Le complexe d'espèces Fusarium solani regroupe des champignons phytopathogènes également impliqués en pathologie humaine dans des infections parfois profondes et souvent de mauvais pronostic. Dans un premier temps, une méthode de MLST, s'appuyant sur 5 gènes de ménage a donc été développée. Validée sur 51 isolats épidémiologiquement distincts, cette méthode stable et reproductible présente un pouvoir discriminant de 99,1 %. Après comparaison à la technique de référence utilisée en phylogénie, un schéma consensus à 8 loci a été proposé. Dans un second temps, une étude de la sensibilité de ce pathogène à l'amphotéricine B et au voriconazole a été menée par deux techniques d'évaluation des CMI : microdilution CLSI M38-A2 et bandelettes E-test. Devant le paradoxe entre une sensibilité diminuée in vitro au voriconazole et la recommandation de cette molécule pour le traitement curatif de la fusariose humaine, des mécanismes de résistance ont été exploré. L'hypothèse d'un phénomène d'efflux n'a pas été retenue alors que celle d'une modification de la cible, la 14 alpha stérol déméthylase, peut être envisagée après la description de différentes mutations pour les isoformes CYP51A, B et CFusarium solani species complex includes phytopathogenic fungi also involved in human infections with poor prognosis. Firstly, MLST method, based on five housekeeping genes has been developed. This method has been validated on 51 isolates epidemiologically distinct, and has been shown to be stable and reproducible and provides a discriminating power of 99.1%. After comparison with the reference technique used in phylogeny, a consensus method with 8 loci has been proposed. Secondly, a study of the susceptibility to amphotericin B and voriconazole has been conducted with two MIC determination methods : CLSI M38-A2 microdilution and E-test. The paradox between decreased susceptibility to voriconazole in vitro and recommendation of this molecule for the curative treatment of Fusarium infections has lead to the exploration of resistance mechanisms. The hypothesis of an efflux phenomenon has not been retained whereas a change in the target, the sterol 14 alpha demethylase may be considered following the description of different mutations on proteins CYP51A, B and