A Preliminary Investigation on Genetic Association Analysis of Twin Pairs Data

雙胞胎資料包含同卵雙胞胎與異卵雙胞胎，由於同卵雙胞胎和異卵雙胞胎在遺傳上有差異，但在環境上有良好的配對，所以雙胞胎資料常用於傳統雙胞胎研究及複雜疾病的基因定位研究，然而受單基因座影響的疾病的遺傳相關研究，很少使用雙胞胎資料做分析，所以本研究嘗試以染病狀態一致同卵雙胞對、染病狀態一致異卵雙胞對及染病狀態不一致異卵雙胞對三種研究設計，萃取二分類性狀遺傳訊息，進行遺傳相關分析，並以模擬研究評估此三種研究設計所對應的三種檢定方法之型Ⅰ錯誤率與檢定力。模擬結果顯示，在四種遺傳模式下，以染病狀態一致同卵雙胞對所建立的檢定方法之檢定力較其他兩種研究設計所建立的檢定方法之檢定力高。第一章緒論 ............................................... 1.1遺傳相關研究............................................1.2雙胞胎研究 ........................................... 4.3研究動機與目的 ....................................... 7二章研究方法 .......................................... 8.1 符號定義.............................................. 9.2 染病狀態一致同卵雙胞對 .............................. 10.3 染病狀態一致異卵雙胞對 ...............................12.4 染病狀態不一致異卵雙胞對 ............................ 15三章模擬研究 .......................................... 18.1模擬流程 ............................................. 18.1.1產生同卵雙胞對疾病基因與標識基因資料 ................19.1.2產生異卵雙胞對疾病基因座與標識基因座處於連鎖平衡態的疾病基因與標識基因資料..................................... 20.1.3產生異卵雙胞對疾病基因座與標識基因座處於連鎖不平衡態的疾病基因與標識基因資料................................... 26.2模擬結果...............................................26四章討論 .............................................. 34考文獻 ................................................ 35錄病狀態一致同卵雙胞對、染病狀態一致異卵雙胞對及染病狀態不一致異卵雙胞對的三種檢定方法之檢定力表現 .................. 38目錄1.1 以基因型分析的資料結構............................. 21.2 以對偶基因分析的資料結構 ...........................31.3 兩基因座單套型機率分布 ............................32.1 染病狀態一致同卵雙胞對2×3列聯表...................102.2 染病狀態一致異卵雙胞對2×6列聯表 ...................122.3 染病狀態不一致異卵雙胞對資料結構 ..................163.1 疾病基因座與標識基因座單套型機率分布 ..............193.2 標識與疾病基因型機率分布 ..........................193.3 遺傳模式 ......................................... 273.4 遺傳模式為隱性模式，互換率為0.5，疾病基因座與標識基因座處於連鎖平衡態下，三種方法之型Ⅰ錯誤 ................. 273.5 遺傳模式為顯性模式，互換率為0.5，疾病基因座與標識基因座處於連鎖平衡態下，三種方法之型Ⅰ錯誤 ............................... 283.6 遺傳模式為累加模式，互換率為0.5，疾病基因座與標識基因座處於連鎖平衡態下，三種方法之型Ⅰ錯誤 ............................... 283.7 遺傳模式為相乘模式，互換率為0.5，疾病基因座與標識基因座處於連鎖平衡態下，三種方法之型Ⅰ錯誤 ............................... 293.8 遺傳模式為隱性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 ............................................. 383.9 遺傳模式為顯性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 .............................................. 383.10 遺傳模式為累加模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 .............................................. 393.11 遺傳模式為相乘模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 .............................................. 393.12 遺傳模式為隱性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因 頻率為0.3，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三 種方法之檢定力 ........................................... 403.13 遺傳模式為顯性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 ............................................. 403.14 遺傳模式為累加模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 .............................................. 413.15 遺傳模式為相乘模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，互換率為0.0，於不同標準化連鎖不平衡係數，三種方法之檢定力 ............................................... 41目錄2.1 雙胞對資料 ......................................... 82.2 染病狀態一致同卵雙胞對 ............................ 102.3 染病狀態一致異卵雙胞對 ............................ 122.4 染病狀態不一致異卵雙胞對 .......................... 153.1 遺傳模式為隱性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，三種方法之檢定力 ...........................303.2 遺傳模式為顯性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，三種方法之檢定力............................ 303.3 遺傳模式為累加模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，三種方法之檢定力............................ 313.4 遺傳模式為相乘模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.1，三種方法之檢定力 ........................... 313.5 遺傳模式為隱性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，三種方法之檢定力............................ 323.6 遺傳模式為顯性模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，三種方法之檢定力 ........................... 323.7 遺傳模式為累加模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，三種方法之檢定力............................ 333.8 遺傳模式為相乘模式，標識對偶基因頻率為0.3，疾病對偶基因頻率為0.3，三種方法之檢定力............................ 3