Genome characterization of strains of Banana bunchy top virus

香蕉萎縮病係由香蕉萎縮病毒(banana bunchy top virus, BBTV)所引起，在香蕉植株上造成葉片邊緣黃化、葉脈透化、中肋及葉柄處產生濃綠色條斑、嚴重者甚至不結果等病徵。目前研究BBTV之基因體組成已發現至少六條DNA components，分別為DNA1 ~ 6，在某些BBTV分離株上甚可分離到額外的DNA components (additional Rep)，根據病徵及利用PCR三對引子對(C1、S、SR)之檢測結果可將BBTV分成五種系統(type I ~ V)。然而在台灣，不同BBTV系統之完整基因體組成尚未被報導。本研究針對BBTV不同系統之分離株，利用保守性及專一性引子對，對BBTV不同系統分離株之香蕉總核酸進行PCR反應分析，增幅出可能具有的基因體，建立出PCR library，再利用restriction fragment length polymorphism (RFLP)對PCR library內之選殖株進行分析、選殖並定序來自不同RFLP群之DNA components，從type I-1與II-1兩分離株當中找到六個DNA components，並發現兩者之間除DNA2a外，各DNA components全長序列、major common region (CR-M)與stem-loop common region (CR-SL)相似度極高，主要差異在SR引子對產物(即additional Rep)之有無，進一步分析其中所含有之additional Rep種類並加以分群，同一type不同additional Rep群之間病徵並無顯著差異，對於影響type I與II之間病徵強弱之差異仍需進一步研究；從type III分離株當中只找到兩個序列特異性之DNA components (L1與L2)，且無發現任何已知additional Rep的存在，其中L1為本研究中新發現之DNA component；type IV分離株只找到DNA1 ~ 5，並發現部分DNA1 與DNA3 ~ 5之CR-SL序列具有缺失，而DNA2則具有特異性CR-SL序列，並從type IV分離株發現一新的additional Rep (Ly1)。目次 、前 研究................................................................................................................1 ( ) 香蕉萎縮毒病簡介................................................................................1 ( ) BBTV基因體之研究..............................................................................2 ( ) BBTV病毒系統之研究..........................................................................9 、材料與方法............................................................................................................9 ( ) 植物材料..............................................................................................11 ( ) 總核酸抽取..........................................................................................11 ( ) 熱循環反應..........................................................................................11 1. C1及SR引子對........................................................................11 2. S引子對....................................................................................12 3. Y、S1、S2、S3之各專 性引子對.......................................12 4. 其他各DNA專 性引子對…................................................12 ( ) 核酸之選殖..........................................................................................12 ( ) 製備大腸桿菌Top10F’或XL1-Blue勝任細胞...................................12 ( ) 大腸桿菌Top10F’或XL1-Blue勝任細胞之轉形...............................13 ( ) 菌落熱循環反應..................................................................................13 ( ) 質體少量製備......................................................................................13 ( ) DNA定序.............................................................................................14 ( ) DNA序列分析.....................................................................................14 、結果......................................................................................................................15 ( ) BBTV各系統主要基因體之選殖與分析方法....................................15 ( ) BBTV各系統分