A structure-based classification of class A β-lactamases and bioinformatics

Pour les biologistes, en particulier médicaux, il est devenu banal de séquencer un gène codant un mécanisme de résistance aux β-lactamines (β-lactamases). Par ailleurs, l’augmentation constante des génomes identifiés montre la large diffusion de tels gènes de résistance. Devant les insuffisances de dénomination de ces enzymes dans les banques de données généralistes, il est apparu nécessaire de redéfinir au plan moléculaire, la classe A, la plus importante des quatre classes connues (A-D) et de proposer des éléments de classification moléculaire plus précis à partir d’une comparaison d’une base de données de plusieurs centaines de séquences protéiques. Une telle analyse ne peut être obtenue qu’à l’aide des nombreux logiciels de bioinformatique mis à disposition sur divers sites nationaux ou institutionnels au cours de la dernière décennie. L’identification moléculaire précise est génératrice d’une thérapeutique beaucoup mieux adaptée.For medical biologists, protein sequencing has become a commonplace technique to support diagnosis. Rapid changes in this field have led to the generation of large amounts of data, which are not always correctly listed in databases. This is particularly true of class A β-lactamases, a main group of key antibiotic-resistance enzymes produced by bacteria. Many genomes have been reported to contain putative β-lactamase genes, which can be compared with representative types. We analyzed several hundred amino-acid sequences of class A β-lactamase enzymes for phylogenic relationships, the presence of specific residues, and cluster patterns. A such study was realized because a huge number of softwares in bioinformatics were freely offered on web