Caracterización molecular de genes de frijol inducidos en la interacción con Rhizoctonia solani.

Tesis (Maestría en Ciencias en Biología Molecular)"El frijol común (Phaseolus vulgaris L) es una de las leguminosas de mayor consumo en el mundo. Sin embargo, su producción es afectada tanto por factores bióticos como abióticos. La pudrición de raíz del frijol, es una de las enfermedades más importantes que afectan la productividad y desarrollo de este cultivo, además se encuentra ampliamente distribuida en México y en diversas regiones del mundo. Entre los principales agentes causales de la enfermedad destacan Rhizoctonia solani y Fusarium spp. Rhizoctonia solani, es un hongo de distribución cosmopolita nativo del suelo y se ha estimado que puede reducir hasta en un 50% la producción de frijol. Este hongo fitopatógeno puede permanecer por varios años en el suelo en forma de esclerocios (masas compactas de micelio) por lo que es difícil erradicarlo. Para aislar genes de frijol que son diferencialmente expresados durante la interacción incompatible con Rhizoctonia solani, desarrollamos una genoteca sustractiva por medio de la técnica de hibridación substractiva por supresión (SSH). La SSH se realizó empleando el cDNA de raíces de frijol inoculas con Rhizoctonia solani como la condición problema y el cDNA de raíces no inoculadas así como de una proporción de micelio de Rhizoctonia solani crecido por separado como condición control, todos colectados a las 8 y 16 h de interacción.En total se obtuvieron 179 agrupamientos (contigs) que equivalen a 136 genes únicos (uni-genes) de 300 clonas secuenciadas. Estos uni-genes se clasificaron en 12 categorías funcionales, metabolismo primario (10%),metabolismo secundario (12%), defensa (8%), respuesta a estrés (11%),transporte (8%), síntesis de proteínas (6%), componente celular (5%), degradación de proteínas (2%), factores de transcripción (2%), transducción de señales (2%), proteínas de función desconocida (10%) y secuencias sin identidad (24%).""The common bean (Phaseolus vulgaris L) is one of the legumes of greater consumption in the world. However, its production is affected by biotic and abiotic stresses. Common bean root rot, is one of the most important diseases affecting the growth and productivity of this crop, having a wide distribution in Mexico and diverse regions of the world. Among the main causal agents are Rhizoctonia solani and Fusarim spp. Rhizoctonia solani, is a fungus of cosmopolitan distribution native of the soils and it has been estimated that it can reduced up to 50% the production of common bean. This phytopathogenic fungus is able to remain several years in soil in the form of sclerotia (compact mases of hypha) being difficult to eradicate. In order to isolated common bean genes differentially expressed during the incompatible interaction with Rhizoctonia solani, we constructed a Suppresive Substractive Hybridization Library (SSH). The SSH was generated using the cDNA of common bean roots inoculated with Rhizoctonia solani as tester and the cDNA of non-inoculated common bean roots plus a proportion of Rhizoctonia solani micelia as the driver or control condition. All this samples were collected after 8 and 16 h of interaction. From 300 sequenced clones, we obtained a total of 179 contigs equivalent to 136 unigenes. These unigenes were classified in 12 functional categories, primary metabolism (10%), secondary metabolism (12%), defense (8%), response to stress (11%), transport (8%), protein synthesis (6%), cellular component (5%), protein degradation (2%), transcription factors (2%), signal transduction (2%), proteins of unknown function (10%), and sequences with no identity (24%).