Distribution of the transposable element impala in Fusarium oxysporum isolates pathogenic and nonpathogenic to common bean

A variabilidade genética de 20 isolados de Fusarium oxysporum, nove não-patogênicos e 11 patogênicos ao feijoeiro (Phaseouls vulgaris), foi determinada com base na distribuição do elemento transponível impala. A presença de impala das subfamílias D e E foi determinada por experimentos de PCR, empregando oligonucleotídeos específicos para cada subfamília. Foi observada a presença de representantes das duas subfamílias na maioria dos isolados, sugerindo, portanto, que impala é um antigo componente do genoma de F. oxysporum f. sp. phaseoli. A hibridização do DNA total de cada isolado, clivado com a enzima EcoRI, com um fragmento do elemento impala da subfamíla E, mostrou uma variação nos padrões de bandas dos isolados não-patogênicos, indicando a possível atividade desses elementos. No entanto, no caso dos isolados patogênicos, foram observados padrões de bandas mais homogêneas e alguns isolados apresentaram o mesmo perfil de bandas, indicando que se trata de cópias de impala que, possivelmente, não são mais capazes de sofrer transposição. Estas cópias inativas são excelentes marcadores genéticos. Um dos isolados patogênicos, Fus4, não apresentou cópias endógenas de impala, o que torna esse isolado um candidato para experimentos de mutagênese insercional usando o vetor pNI160, que possui o elemento impala ativo interrompendo o gene niaD, que codifica a enzima nitrato redutase.The genetic variability of 20 isolates of Fusarium oxysporum, nine nonpathogenic and 11 causing common bean (Phaseouls vulgaris) wilt, was analyzed on the basis of the distribution of the transposable element impala. The presence of transposable elements belonging to subfamilies D and E of impala was determined through polymerase chain reaction (PCR) using specific primers for each subfamily. The presence of members of the two subfamilies was observed in most of the isolates, suggesting that it is an old component in the F. oxysporum f. sp. phaseoli genoma. Hybridization of total DNA of each isolate, digested with EcoRI, with impala fragments of subfamily E produced a highly variable band pattern in the nonpathogenic isolates, indicating the possible activity of these elements. On the other hand, in pathogenic isolates, the band patterns were more homogeneous and some isolates showed very similar patterns, indicating that these impala copies have lost their capacity to transpose. These inactive copies are suitable as genetic markers. Among the pathogenic isolates, endogenous copies of impala were not detected in Fus4; therefore, this isolate could be used in experiments of insertional mutagenesis with the pNI160 plasmid, which harbors the active W impala element disrupting the niaD (nitrate reductase) gene