RNA-seq mapper

RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Razumijevanje transkriptoma je izuzetno važno iz nekoliko razloga kao što su shvaćanje funkcionalnih elemenata genoma i razumijevanje razvoja pojedinih bolesti, što je samo par od mnogih mogućnosti primjene. Ovaj rad prikazuje novi algoritam za mapiranje podataka dobivenih RNA sekvenciranjem, posebice za očitanja koja se prostiru preko više eksoma. Usporedba sa trenutno najhvaljenijim i najboljim sličnim alatima kao što su Tophat i BBMap prikazana je u radu.RNA sequencing is a method for transcriptome analysis. Understanding the transcriptome is essential for various reasons such as interpreting the functional elements of the genome and undrestanding development of diseases, among many other use cases. This thesis presents a new RNA-seq spliced alignment algorithm, that uses finding the longest increasing subsequence in detecting splice sites and mapping spliced reads across exon junctions. Comparison between some of the state-of-the-art tools such as Tophat and BBMap are given