Pogreške koje se dogode tijekom su: perforacija stijenke krune ili korijena, oblikovanje stepenice, slomljeni instrument u korijenskom kanalu, pogreške tijekom ispiranja kanala, ingestija instrumenta, aspiracija instrumenta, prepunjenje, podpunjenje i vertikalna fraktura korijena zuba. Kako ide tijek endodontske terapije tako se mogu dogoditi i njezine komplikacije. Perforacija stijenke krune dogodi se tijekom izrade pristupnog kaviteta, a perforacija stijenke korijenskog kanala tijekom instrumentacijske faze. Kod obje komplikacije bitno je poznavanje morfologije endodontskog prostora i napraviti preoperativni Rtg sa svrhom prevencije pogreške. Korištenje adekvatne tehnike instrumentacije i odgovarajućih instrumenata, uz preoperativni Rtg, ...