Selective genotyping pour la détection de QTL

International audienceLes nouvelles technologies en matière de génomique se révèlent être efficaces afin de percer les secrets de la variation génétique d'un caractère quantitatif. Ces technologies permettent la caractérisation moléculaire de marqueurs polymorphes (i.e. présentant plusieurs allèles) sur l'ensemble du génome. Ces derniers seront par la suite utilisés pour identifier et localiser les loci (i.e. emplacements physiques précis sur un chromosome) où la variation allélique est associée à la variation du caractère quantitatif considéré. On nomme QTL de tels loci. Néanmoins, les coûts dûs au génotypage demeurent très élevés. C'est pourquoi l'optimisation du processus expérimental est primordiale. L'un de ces processus expérimentaux s'intitule selective genotyping. Il a été proposé par Lebowitz and al. (1987), et élaboré par Lander et Botstein (1989), Darvasi et Soller (1992), Muranty et Goffinet (1997). Le selective genotyping consiste à génotyper uniquement les individus dont la valeur du caractère quantitatif est extrême (plus grande ou plus petite qu'un seuil). Cela permet de réduire les coûts dûs au génotypage tout en gardant une bonne puissance pour le test statistique, à condition que le nombre d'individus ait été augmenté. Dans cet exposé, sont étudiées différentes stratégies pour l'analyse statistique en selective genotyping. Les tests statistiques correspondants, seront comparés en terme d'efficacité au test oracle, celui où tous les génotypes sont connus