Distance-Based Phylogenetic Tree Construction Methods

Izgradnja filogenetskog stabla kreće izračunom matrice udaljenosti. Udaljenosti se računaju po Jukes - Cantorovom modelu tako da se kao ulaz programa predaju poravnati genomi ili proteinski lanci u FASTA formatu. Nakon što je iz ulazne datoteke kreirana matrica udaljenosti, na temelju tih udaljenosti programska potpora omogućuje prikaz: matrice udaljenosti, filogenetskog stabla izgrađenog UPGMA metodom ili stabla izgrađenog metodom povezivanja susjeda.Phylogenetic tree construction starts with computation of the distance matrix. Distances are based on Juke – Cantor’s model of evolution. Input of the program are aligned genomes or protein sequences in FASTA format. When the distance matrix is computed, the program will construct phylogenetic tree using UPGMA algorithm or neighbor joining method