Methods for the longest common prefix array construction

U okviru ovog završnog rada obrađene su strukture podataka koje se često koriste u bioinformatici: sufiksno polje, polje najduljih zajedničkih prefiksa (LCP polje) i Burrows-Wheelerova transformacija znakovnog niza. Analizirane su različite metode izgradnje LCP i BWT polja s posebnim osvrtom na nedavno objavljeni algoritam u kojemu je dodatni memorijski prostor za izgradnju LCP polja O(1). Algoritmi za izgradnju BWT i LCP polja implementirani su u programskom jeziku C++. Uspoređene su različite metode izgradnje LCP polja prema vremenu izvođenja i memorijskoj potrošnji te su potom i uspoređena s postojećim programskim rješenjima.In this thesis I present data structures commonly used in the field of bioinformatics: the suffix array, the longest common prefix array and the Burrows-Wheeler transformation. Analysis of different methods of the LCP and the BWT construction is shown with a focus on recently published algorithm, which builds LCP array using O(1) extra memory space and runs in O(n2) time. All algorithms featured in this work are implemented in C++. The analysis include memory and time comparison of the underlying implementations