De Novo Assembly Using Long Error-prone Reads

Sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja s velikom pogreškom (bez ispravljanja očitanja) je obećavajuća metoda. Diplomski rad pokazuje da se, ako se koriste zajedno s jednostavnim metodama za uklanjanje šuma iz podataka, metode korištene za sastavljanje genoma koristeći kratka očitanja mogu koristiti i za sastavljanje genoma koristeći dugačka očitanja. Implementirane metode su testirane na dva skupa podataka E. coli (jedan tvrtke PacBio i jedan tvrtke Oxford Nanopore Technologies). Rezultati su uspoređeni s rezultatima miniasm assemblera.Assembling genomes from long error-prone reads without error correction seems like a promising method. The thesis shows that layout methods used for assembling genomes from short reads can be utilized for assembling from long error-prone reads, if coupled with new methods for eliminating the noise from a dataset. Methods are validated with two datasets of Escherichia coli (PacBio and Oxford Nanopore Technologies). Results are compared with results of the miniasm assembler