Vista parcial del interior de la iglesia

La Iglesia tiene planta de cruz latina, cúpula en el crucero y cabecera plana. La nave, brazos del crucero y la capilla mayor se cubren con bóveda de medio cañón con fajones y lunetos decorados con rica yesería. En los muros perimetrales se abren vanos de medio punto, que albergan retablos, entre pilastras decoradas con macollas vegetales que envuelven querubines, de cuyos capiteles corintios surgen protomos de pegasos, y sobre los arcos se disponen diversas molduras de estuco acodilladas, que delimitan lienzos cuya iconografía representan pasajes de la vida de San Juan de Dios. En la zona superior de los muros muestra movido entablamento decorado con águilas y palmetas que alternan con cabezas de querubines. La cúpula del crucero descansa sobre tambor y pechinas decoradas con los escudos de los Díez de Tejada, patronos de la capilla mayor. El tambor presenta sólidos machones decorados que sirven de base a los ocho nervios de la bóveda, cuya finísima decoración forma un anillo de palmetas en el arranque del cupulino. El conjunto está decorado en las bóvedas y muros con blancas y movidas yeserías, de rizados estucos, fondeados y fileteados de azul, en los que predominan los motivos vegetales, así como ángeles y determinados temas de una fauna fantástica. La capilla mayor se encuentra a nivel más alto que la nave. La sacristía se comienza a construir en 1701, obra levantada por el maestro Tomás de Melgarejo. Tiene planta rectangular cubierta con bóveda de medio cañón, con lunetos, dividida en tres tramos por arcos fajones. El patio del Hospital realizado en la segunda mitad de siglo XVIII es de planta irregular porticado. Presenta en cada frente cuatro arcos de medio punto que apoyan en columnas toscanas sobre pedestales con placas recortadas. En la galería superior, muy reformada, se abren cuatro arcos de tipo carpanel sobre pilares. La escalera está realizada a fines del siglo XVIII. Se encuentra situada en el lado occidental del patio, es de tipo Imperial y está cubierta en los laterales con dos cuartos de esfera avenerados que dan paso a la bóveda central de gajos que se eleva sobre una cornisa mixtilínea. Las pechinas que la soportan se encuentran cubiertas de decoración de hojarasca que envuelven pequeños cuadros. En el exterior, la fachada de la Iglesia se compone de un rectángulo flanqueado de dos grandes pilastras toscanas y entablamento superior sobre el que se levanta la espadaña. La fachada se realizó con piedra arenisca procedente de las ruinas de la ciudad romana de Singilia Barba. La portada realizada en caliza roja del Torcal, es de composición manierista, está compuesta con un vano de medio punto entre pilastras y punta de diamantes en las enjutas, coronado con un frontón semicircular, partido y rematado con pirámides de bolas, que dan paso al segundo cuerpo compuesto de una hornacina central, avenerada, en cuyo interior alberga la imagen del santo titular, entre pilastras y frontón semicircular coro- nado con pináculos. En la zona superior se abren, a cada lado, dos vanos rectangulares y en el centro coronando la portada se ubica el escudo de la Orden delimitado por molduras mixtilíneas. La cúpula del crucero presenta al exterior el tambor octogonal en el que se abren arquillos bilobulados flanqueados por pilastras. Se cubre con teja de rueda curva sobre armadura de madera con lucernas abiertas en los faldones. La linterna, también octogonal, se compone de arcos de medio punto entre pilastras amensuladas, que sostienen un entablamento denticulado decorado con elementos vegetales. Se corona con tejadillo piramidal de cerámica rematado con un jarrón. La portada del Hospital presenta el modelo de fachada armazón. Se compone de un alzado de tres pisos siendo el tercero de menor altura. En cada planta se abren tres vanos adintelados cubiertos de reja los laterales y con antepecho, también de balaustres de hierro, el balcón del segundo piso y los tres de la planta tercera. La fachada se encuentra flanqueada con altas pilastras. Sus vanos están coronados con frontones de ladrillos, fruto de la restauración de 1986 en la que se le ha devuelto su diseño original. El acceso al interior está flanqueado por pilastras y un frontón partido