Detalle de decoración del interior de la iglesia

Su interior, que evidencia estar inacabado en la zona del crucero y capilla mayor, presenta una sola nave con cubierta de bóveda de medio cañón dividida en cuatro tramos por arcos fajones. El alzado presenta el esquema típico de iglesia de cajón, con amplísimas tribunas comunicadas entre sí. Su decoración de yeserías, de extraordinario efecto ornamental se concluyó en 1706. La Iglesia llama la atención por las palmeras que hay dentro de su patio y por tener la fachada más monumental de todo el barroco antequerano, realizada íntegramente en piedra de sillería, aunque, al igual que la cabecera en el interior del templo, no fue acabada y así se encuentra actualmente. A tener en cuenta el detalle de una hornacina situada en medio de una pilastra, un San Francisco de Borja atribuido a Pedro de Mena La fachada, deriva en su composición del tradicional modelo jesuítico. Un apilastrado de orden toscano lo componen en sus tres calles, con hornacinas las laterales y alberga la central un gran arco ciego en el que se embute la portada propiamente dicha. La fachada del antiguo Convento de la Compañía presenta esquema de "fachada armazón" en ladrillo, siendo la portada de orden almohadillado