Vista general del exterior de la iglesia

El templo consta de tres naves, cubierto con cúpula en el crucero y bóvedas de cañón en el resto. Las naves se cubren con bóvedas vaídas y el crucero lo hace con bóveda semiesférica. Los soportes del templo son pilares de sección rectangular que soportan arcos de medio punto. En relación al ornato, Alonso desarrolla sobre las paredes laterales de la nave central una variación sobre el orden jónico, con friso cajeado y decorado con motivos geométricos y amplio fileteado como cornisa; ésta incorporación de las cajas de friso constituye un logro personal que recuerda los usos compositivos de edificios manieristas ó protobarrocos como son la Capilla del Hospital de las Cinco Llagas ó la Iglesia del Sagrario de Sevilla. En cuanto a la decoración de yeserías, ésta se extiende a modo de baquetón orlando fajas de la nave central y claraboyas, y, sobre todo, cubriendo el desarrollo de las pechinas y la media naranja, donde se distribuye en las características tramas de yeso hacia la linterna, equilibradas con las ondulantes molduras horizontales que circundan la bóveda. Tanto su traza, que combina la línea mixtilínea con detalles de roleos, como su acabado son de una altísima calidad. Su retablo mayor es el primer gran retablo conservado de Francisco Acosta ¿el Mayor¿ y procede del Convento de Carmelitas Calzados de Carmona. Especialmente llamativo es el recortadísimo ático, en el que se suceden molduras curvas que enmarcan rocaille, entre la que destacan dos ¿riñones¿ que ocupan los lados del ático. También de gran calidad es la imaginería original del retablo. Su portada consta de dos cuerpos; en el primero, un arco de medio punto está enmarcado por dos pilastras de ladrillo avitolado y almohadillado de orden jónico como es característico de la arquitectura de estos maestros alarifes, para dar mayor realce a la ornamentación de las fachadas. Mientras, en el segundo cuerpo, una ventana, también de arco de medio punto, está franqueada por dos estípites profusamente decorados y rematados en dos pináculos. También podemos apreciar en el exterior del edificio, que bajo la línea de cubierta del crucero se cierne un entablamento de orden dórico, muy utilizado por Alonso en portadas de carácter más monumentales, con metopas decoradas por florones, aparentemente soportado por originales pilastras de pinjantes invertidos. Cabe destacar también en la fachada que salva la diferencia del nivel de las naves con el remate mixtilíneo de su testero rematado por un pináculo. Por lo tanto, en cuanto al exterior del edificio, podemos apreciar una clara diferencia ornamental entre cuerpo y ático ya que en estas fechas de la realización de la ermita, Alonso estaba dando varios pasos en la confirmación de su estilo ornamental, comenzando a atenuarse la rigidez geométrica de algunos trabajos decorativos como es el caso del entablamento exterior de esta ermita de San Francisco