Swarm optimization algorithms applied to protein structure prediction problem

Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação)O problema de predição de estrutura de proteínas é um dos mais desafiadores da área da bioinformática. Muitos dos fatores envolvidos no processo de dobramento ainda não são conhecidos, motivo pelo qual o problema é usualmente tratado a partir de modelos simplificados que consideram apenas algumas poucas características das proteínas, como o modelo Hidrofóbico-Polar 2D. Entretanto, mesmo a partir de modelos simplificados, predizer a estrutura de uma proteína é um problema da classe NP-completo, e por isso, abordagens não determinísticas têm sido largamente aplicadas ao problema. Neste trabalho, dois métodos não determinísticos baseados em Inteligência de Enxame, Otimização por Colônia de Formiga e Otimização por Enxame de Partícula, foram aplicados ao Problema de Estrutura de Proteínas no modelo Hidrofóbico-Polar 2D com inserção do método de busca por \textit{pull move}. Para cada algoritmo três diferentes abordagens foram usadas, cada uma implementando um procedimento diferente de construção de conformações de proteínas. O objetivo do trabalho foi definir qual o melhor método para tratamento do problema, a partir da comparação entre os métodos e suas diferentes abordagens