Evaluation of genomic DNA stability in the presence of guanidine thiocyanate

Objetivo: Avaliar a estabilidade do DNA genomico (DNAg) na saliva, observando quanto tempo apos o descongelamento ainda e possivel manter as propriedades do acido nucleico. Projeto: Amostras de saliva de 12 estudantes de odontologia foram coletadas e divididas em aliquotas de 400 uL. No tempo 0, todas as amostras foram descongeladas e entao divididas em dois grupos: com (grupo experimental) ou sem (grupo controle) adicao do tampao tiocianato de guanidina, e avaliadas ao longo do tempo. Foi realizada analise por PCR em tempo real de bacterias totais nos tempos 0, 2 semanas (1), 1 mes (2), 3 meses (3) e 6 meses (4) apos o descongelamento, a fim de investigar se o tampao de guanidina foi eficaz em manter a estabilidade do DNA salivar. Resultados: Amostras armazenadas sem tampao de guanidina nos tempos 2, 3 e 4 apresentaram menores quantidades de bacterias totais quando comparadas ao tempo 0. Nos tempos 3 e 4, tambem foram observadas menores quantidades de bacterias totais em relacao ao tempo 1. No entanto, o tiocianato de guanidina foi capaz de estabilizar amostras de DNA salivar apenas nos tempos 3 e 4, em comparacao com cada grupo controle respectivo. Conclusao: O tiocianato de guanidina nao foi eficaz na estabilizacao do DNA salivar, uma vez que somente a partir do tempo 3 essa solucao foi capaz de manter as propriedades do DNA maiores do que as amostras armazenadas sem esse tampao. Embora tenha sido considerado um bom estabilizador de outros fluidos corporais, a estabilizacao do DNA salivar parece ser desnecessaria quando as amostras sao congeladas ou armazenadas em temperatura ambiente por um curto periodo de tempo e reagentes adicionais devem ser considerados para armazenamento em temperatura ambienteObjective: To evaluate the stability of the genomic DNA (gDNA) in saliva, observing how long after thawing is still possible to keep the properties of the nucleic acid. Design: Saliva samples of 12 dental students were collected and divided in aliquots of 400 uL. At the time 0, all samples were thawed and then divided into two groups: with (experimental group) or without (control group) addition of guanidine thyocianate buffer and evaluated through the time. Real-time PCR of total bacteria analysis were performed at the times 0, 2 weeks (1), 1 month (2), 3 months and 6 months (4) after thawing in order to investigate whether the guanidine buffer was effective in keeping the salivary DNA stability. Results: Samples stored without guanidine buffer at the times 2, 3 and 4 showed lower amounts of total bacterial when compared to time 0. At the times 3 and 4, lower amounts of total bacterial were also observed compared to time 1. However, guanidine thyocianate was able to stabilize salivary DNA samples only at the times 3 and 4, in comparison to each respective control group. Conclusion: Guanidine thyocianate was not effective in stabilizing DNA in saliva as only from time 3 this solution was able to keep DNA properties higher than samples stored without this buffer. Although it has been considered a good stabilizer of other body fluids, salivary DNA stabilization seem to be unnecessary when samples are frozen or stored at room temperature for a short time period and additional reagents should be considered for room temperature storag