Précision de prédiction génomique chez une plante pérenne : cas du palmier à huile

La sélection génomique (SG) est destinée à accroître le progrès génétique des cultures pérennes, principalement par la réduction des cycles de production et l'augmentation de l' intensité de sélection. Ceci exige une précision suffisante de la SG pour la sélection des candidats, souvent malgré des populations d'entraînement de petites tailles. Notre objectif était d'obtenir la première estimation empirique de précision de SG pour le palmier à huile, principale production mondiale d huile. Nous avons utilisé deux populations parentales impliquées dans la sélection récurrente réciproque conventionnelle (Deli et Groupe B) avec chacun des 131 individus génotypés avec 265 SSR. Nous avons estimé la précision de SG pour la prédiction des valeurs génétiques d'individus non testés sur descendance, pour huit caractères de rendement. Nous avons utilisé trois méthodes pour échantillonner les populations d'entraînement et la méthode GBLUP pour estimer les valeurs génomiques. Les résultats ont montré que la SG prend en compte les effets familiaux et les conditions d'échantillonnage mendélien dans le Groupe B, mais seulement les effets familiaux dans Deli. Vraisemblablement, cette différence entre populations provenait de la diversité des histoires de sélection. La précision de la SG variait de - 0,41 à 0,94 et était positivement corrélée aux relations entre populations tests et d'entraînement. La population d'entraînement optimisée avec ce qu'on appelle le critère de CD moyen a permis d'obtenir la meilleure précision, allant de 0,49 (taux de pulpe de fruits dans le groupe B) à 0,94 (poids des fruits dans le groupe B). Enfin, le groupe B pourrait être présélectionné pour les tests sur descendance en appliquant la SG aux caractères clés de rendement, donc augmenter l'intensité de sélection. Nos résultats devraient être utiles aux programmes de sélection sur des populations de petites tailles, ayant de longs cycles de reproduction ou des effectifs de petites tailles. (Résumé d'auteur