Développement et utilisation des marqueurs SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) pour l'analyse des populations de Magnaporthe grisea

Magnaportlte grisea (Herbert) Barr est l'agent de la pyriculariose du riz et d'autres Poacées. C'est un champignon Ascomycete haploïde dont seule la forme asexuée a été observée dans la nature. Des études de populations de ce pathogène ont été réalisées à l'aide de marqueurs RFLP et RAPD. Un nouvel outil moléculaire, les marqueurs SCAR (Séquence Characterized Amplified Region), a été développé pour l'étude des populations de M. grisea Vingt marqueurs SCAR ont été mis au point à partir de marqueurs RAPD polymorphes ou de séquences géniques publiées. Quinze de ces marqueurs ont été utilisés pour la caractérisation de soixante-quatre isolats collectés sur du riz dans différentes régions rizicoles du monde (Afrique, bassin Méditerranéen, Asie et Amérique). Cette analyse montre que l'échantillon étudié est constitué de cinq groupes et de trois souches qui ne se classent dans aucun d'entre eux. Les groupes 1 et 2 sont les plus représentés et regroupent la majorité des souches. Le groupe 1 est composé de vingt-six souches provenant d'Asie, d'Amérique et du bassin Méditerranéen. Dans le groupe 2 sont classées vingt-deux souches d'origine asiatique, américaine et africaine. Une corrélation est établie entre le classement des souches dans ces deux groupes et le groupe de compatibilité sexuelle. Tous ces résultats sont comparables à ceux obtenus avec les marqueurs RAPD. Toutes les populations sont différenciées entre elles. Il semble que le degré de différenciation entre deux populations soit lié aux différents groupes de riz cultives dans les différentes régimes. L'hôte pourrait donc jouer un rôle important dans la structuration des populations mondiales de M. grisea. La diversité génétique est maximale au sein de la population asiatique et certaines souches asiatiques sont du même haplotype que des souches provenant d'Amérique, du bassin Méditerranéen et d'Afrique. Ceci laisse supposer que l'Asie est ou a été un centre de diversification du pathogène à partir duquel il se serait disséminé vers d'autre régions par le transport de semences infectées. Les marqueurs SCAR présentent l'avantage d'être transférables dans d'autres laboratoires et d'être facilement analysés. Cependant le nombre de locus pour lequel plusieurs allèles sont mis en évidence reste faible et le polymorphisme présence-absence est fréquemment observé. La fréquence élevée d'allèles nuls ne permet pas une analyse fine des populations, l'absence d'amplification pouvant être causée par différents phénomènes. L'analyse du polymorphisme de restriction de marqueurs SCAR monomorphes pourrait permettre de mieux caractériser les allèles nuls . (Résumé d'auteur