Analyse de l'écologie microbienne par un outil moléculaire global: PCR-DGGE. Application aux poissons d'aquaculture du Vietnam : O1

La détermination de l'origine géographique est une exigence du système de traçabilité de l'import-export des produits alimentaires. Une hypothèse d'outil de traçabilité consiste à relier l'origine du produit alimentaire aux communautés microbiennes présentes sur le produit après leur exportation. Pour ce faire, les techniques moléculaires employant les profils des ADNr 16S générés par PCR-DGGE ont été utilisés pour détecter les variations dans les structures communautaires bactériennes des poissons Pangasius de la province d'An Giang au Sud Vietnam, récoltés dans différentes fermes aquacoles et pendant deux saisons différentes, la saison des pluies et la saison sèche. Lorsque les profils d'ADNr 16S ont été analysés par analyse multi variée, des communautés microbiennes distinctes ont été détectées. Les profils des bandes des bactéries de poissons provenant de différentes exploitations sont différents et sont spécifiques de chaque lieu. Ils pourraient donc être utilisés comme un code-barre pour certifier l'origine des poissons. Lorsque les profils de bande du même lieu de prélèvement, à différentes saisons ont été comparés, nous avons également observé que le spectre des bandes était le même pour chaque saison et discriminait les fermes. Certaines bandes communes ont été relevées stables tout au long de l'année quel que soit la saison. Ces bandes peuvent être utilisées comme marqueurs spécifiques pour ce lieu précis. Cette méthode est un nouvel outil de traçabilité qui fournit aux produits de la pêche un code à barres unique et permet de tracer le poisson vers leur lieu de production d'origine. (Résumé d'auteur