Génomique comparative et spectre d'hôte chez Ralstonia solanacearum phylotype II

Ralstonia solanacearum est une bactérie vasculaire d'origine tellurique responsable du flétrissement de plus de 200 espèces végétales répertoriées qui se répartissent dans 50 familles botaniques (mono et dicotylédones). Cette espèce appartient à un "complexe d'espèces" comprenant également deux organismes sévissant en Indonésie: le 'Blood Disease Bacterium' (BDB) qui est l'agent de la maladie du sang du bananier et R. syzygii, l'agent du dépérissement du giroflier. Ce complexe se compose de 4 groupes monophylétiques (phylotypes) en relation avec l'origine géographique des souches : Asie (phylotype I), Amérique (phylotype II), Afrique (phylotype III) et Indonésie (phylotype IV). Ces phylotypes sont subdivisés en 51 sequevars basés sur les séquences de l'endoglucanase (ego et ont été confirmés par puces à ADN (Guidot, Prior et al. 2007) et comparaison de génomes entiers (Remenant, Coupat-Goutaland et al. 2010; Remenant, de Cambiaire et al. 2011). Récemment, sur la base d'un schéma MLSA huit groupes de souches (clades) présentant différentes stratégies d'évolution viennent améliorer la connaissance de la diversité structurée par les phylotypes I, IIA, IIB, III et IV (Wicker, Lefeuvre et al 2011; in press). Comprendre les mécanismes moléculaires déterminant les espèces végétales pouvant être infectées par R. solanacearum présente un intérêt stratégique évident aussi bien académique qu'agronomique. Les souches de phylotype II offrent le modèle le plus adéquat pour étudier la spécialisation d'hôte en raison de leur forte hétérogénéité phénotypique, en effet on y retrouve les écotypes "brown-rot" (IIB/1; pomme de terre) et Moko (IIB/3, IIB/4, IIA/6, IIA/24; banane) ainsi qu'un variant du pouvoir pathogène (IIB-4NPB) très agressif sur solanées maraîchères, qui a perdu son pouvoir pathogène sur le bananier (Non Pathogène du Bananier) tout en élargissant son spectre d'hôte aux Cucurbitacées. Les génomes de 17 souches appartenant au phylotype II et recouvrant la diversité ont été séquences (Illumina-GATC), assemblés et annotés (RalstoniaScope-MaGe-Génoscope). Ces nouvelles séquences ont permis d'une part d'améliorer significativement la connaissance du pangénome de R. solanacearum qui est présenté et, d'autre part, de réaliser des expériences de génomiques comparative et soustractive in silico. Des répertoires de gènes et d'allèles associés spécifiquement à une gamme d'hôte ont ainsi été mis en évidence à l'aide de ces méthodes bioinformatiques. Une des hypothèses étant que la spécificité d'hôte d'une souche peut être modifiée par transfert horizontal, des expériences de co-infection bactérie/ADN cherchant à modifier le phénotype de la souche receveuse sont envisagées pour la suite de cette étude. (Résumé d'auteur